村干部贪污被查出的钱款应当依法予以没收，并上缴国库。具体分析如下：

1. 法律依据
   根据《中华人民共和国刑法》第三百八十二条、第三百八十三条的规定，贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。村干部作为基层群众性自治组织中从事管理的人员，若协助人民政府从事行政管理工作（如管理土地征收补偿款、救灾救济款等），属于“其他依照法律从事公务的人员”，可以构成贪污罪的主体。其贪污所得的财物属于违法所得，依法应当追缴。

2. 追缴程序
   在刑事诉讼中，侦查机关（如监察委员会、公安机关）会依法对贪污所得的财物进行查封、扣押、冻结；检察机关在提起公诉时，会同时提起刑事附带民事诉讼或单独提出没收违法所得的申请；法院在判决时，会依法对违法所得作出没收裁定，并上缴国库。若村干部已将部分钱款挥霍或转移，法院仍会责令其退赔，不足部分由其个人财产承担。

3. 例外情形
   若村干部贪污的钱款中包含部分合法收入（如工资、奖金等），则需在追缴时予以区分，仅没收违法所得部分。此外，若村干部在案发前主动退还贪污款项，或案发后积极配合调查、退赃，法院在量刑时可能会酌情从轻处罚，但已退还的款项仍需依法没收。

4. 村民权益保障
   若村干部贪污的钱款属于村集体财产（如村集体收入、土地承包费等），村民可通过以下途径维护权益：

   • 向纪检监察机关举报，要求追究村干部的党纪政务责任；
     
   • 在刑事诉讼中作为被害人参与诉讼，要求返还被侵占的财产；
     
   • 单独提起民事诉讼，要求村干部赔偿损失。

建议：若发现村干部存在贪污行为，村民应及时收集证据（如财务凭证、转账记录等），并向当地监察委员会、公安机关或检察机关举报。如有疑问，可直接向我咨询具体法律程序。