协议入股公司是有法律依据的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。这里的“非货币财产”实际上就为协议入股提供了法律基础，只要该非货币财产能够用货币估价且可以依法转让，就可以作为出资方式入股公司。此外，虽然直接的法律条文可能并未明确提及“协议入股”，但公司法允许股东之间通过协商确定出资方式和比例，这实际上就涵盖了协议入股的情形。
二、协议入股的具体形式
技术入股：如果一方拥有某项技术或专利，且该技术或专利对公司有重要价值，那么该方可以通过技术入股的方式成为公司股东。这种情况下，双方需要签订技术入股协议，明确技术的评估价值、入股比例、权益分配等事项。
资源入股：如果一方拥有某种资源（如市场渠道、客户信息等），且该资源对公司业务发展有重要作用，那么该方也可以通过资源入股的方式成为公司股东。同样，双方需要签订资源入股协议，明确资源的评估价值、入股比例、权益分配等。
劳务入股：虽然劳务本身难以直接用货币估价，但在某些特定情况下（如初创企业需要特定技能或经验的人才），双方也可以通过协商确定劳务的价值，并以劳务作为出资方式入股公司。不过，这种情况下需要特别注意劳务的评估和权益分配问题，以避免后续纠纷。
三、协议入股的注意事项
评估价值：无论采用何种形式的非货币财产入股，都需要对其价值进行评估。评估应尽可能客观、公正，以避免后续因价值争议而引发的纠纷。
协议条款：协议入股双方应签订详细的入股协议，明确出资方式、入股比例、权益分配、违约责任等事项。协议条款应尽可能具体、明确，以避免后续因条款不清而引发的争议。
公司章程：协议入股后，公司章程应相应修改，以反映新的股权结构。同时，公司章程也是解决股东之间纠纷的重要依据，因此应确保公司章程的合法性和有效性。
工商登记：协议入股后，应及时到工商行政管理部门办理股权变更登记手续，以确保股权的合法性和有效性。
四、法律后果
如果协议入股过程中存在违法行为（如虚假评估、欺诈等），那么相关方可能需要承担法律责任。此外，如果协议入股后因股权纠纷而引发诉讼，那么法院将根据相关法律法规和协议条款进行裁决。
总结与建议：协议入股公司是有法律依据的，但需要注意评估价值、签订详细协议、修改公司章程以及办理工商登记等事项。如果您有具体的协议入股需求或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。