民事被告在案件正在调解中时，是有权起诉对方的，但需根据具体情况判断起诉的合法性和合理性。以下从不同角度进行分析：

1. 起诉的合法性：

   • 在民事诉讼中，被告和原告的法律地位是平等的。被告不仅享有防御权，还享有反诉权等诉讼权利。反诉是被告在诉讼过程中，针对原告提出的与本诉有牵连的独立的反请求。因此，如果被告认为原告的行为也侵犯了其合法权益，且该请求与本诉有牵连，被告完全有权在诉讼过程中（包括调解阶段）提出反诉。
   • 即使被告不提出反诉，而是选择另行起诉原告，只要该起诉符合《民事诉讼法》规定的起诉条件（如原告是与本案有直接利害关系的公民、法人或其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实、理由；属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖等），被告的起诉行为就是合法的。

2. 起诉的合理性：

   • 调解阶段起诉的考量：在调解阶段，双方正在尝试通过协商达成和解。如果被告此时起诉对方，可能会破坏调解氛围，导致调解失败。因此，被告在决定起诉前应权衡利弊，考虑起诉是否有助于解决纠纷，或者是否会加剧双方矛盾。
   • 起诉内容与本诉的关联性：如果被告起诉的内容与本诉有紧密关联，且能够通过反诉一次性解决双方争议，那么提出反诉可能更为合理。反之，如果起诉内容与本诉无直接关联，或者需要另行查明事实、适用法律，那么另行起诉可能更为合适。

3. 实际操作建议：

   • 咨询专业律师：在决定起诉前，被告应咨询专业律师，了解起诉的合法性和合理性，以及可能面临的法律后果。
   • 准备充分证据：无论选择反诉还是另行起诉，被告都应准备充分的证据来支持自己的诉讼请求。
   • 考虑调解与诉讼的衔接：如果调解失败，被告应及时向法院提交起诉状或反诉状，确保诉讼程序的顺利进行。

举例说明：假设在一起合同纠纷中，原告起诉被告要求支付货款。在调解阶段，被告发现原告提供的货物存在质量问题，导致被告遭受了损失。此时，被告可以选择提出反诉，要求原告赔偿损失；或者选择另行起诉原告，要求赔偿损失。无论哪种方式，被告都需要准备充分的证据来证明自己的主张。

总结：民事被告在案件正在调解中时，有权根据具体情况选择起诉对方。但被告在行使这一权利时，应充分考虑起诉的合法性和合理性，以及可能面临的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。