故意把车架号磨了被交警查到，车主可能会面临一系列严重的法律后果，但具体处理方式需根据实际情况来定。以下是对此情况的详细分析：
一、可能面临的法律责任
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，私自改变、故意损毁或遮挡机动车识别代号（车架号）属于违法行为。车主可能会面临200元以上2000元以下的罚款，同时交警部门有权扣留机动车。在情节严重的情况下，还可能面临一周至15日不等的行政拘留。
刑事责任：
- 如果车架号被磨掉是为了掩饰车辆的真实来源，如被盗抢车辆或用于其他违法犯罪活动（如走私），车主或相关责任人可能会面临更严重的法律后果。一旦查实，可能涉及诈骗罪、掩饰隐瞒犯罪所得罪等刑事指控，并可能面临有期徒刑等刑事处罚。
二、应对措施
积极配合调查：
- 车主在被交警查到车架号被磨掉时，应保持冷静，并第一时间如实向交警说明情况。如果是因为车辆维修、保养等正当原因导致车架号部分损坏或难以辨认，应提供相应的维修记录、发票等证明材料。
申请重新打刻车架号：
- 在证明车辆来源合法且不存在违法犯罪嫌疑的情况下，车主可以向当地车管所咨询并申请车架号的翻新或重新打印。申请过程中需准备相关材料，如《机动车变更、备案申请表》、车主身份证明、机动车登记证书等。车管所审核通过后，会指定专业机构按照规定重新打刻车架号。
寻求专业帮助：
- 如果车主不熟悉相关流程或操作，可以寻求专业的汽车维修厂或激光刻字服务点的帮助，确保车架号的翻新或重新打印工作符合规定要求。
三、重要注意事项
切勿自行操作：
- 车主切勿自行刻制或修改车架号，这是不合规的行为，可能会加重法律后果。所有关于车架号的翻新或重新打印工作都应由专业机构进行。
保留相关证据：
- 在处理此类问题时，车主应保留好相关证据，如车架号被磨掉的照片、与车管所的沟通记录、维修记录等。这些证据在需要时可以提供有力的证明。
四、特殊情况处理
如果车主确实不知道车架号被磨掉：
- 例如，车辆在购买时车架号就已经被磨掉，或者车主在不知情的情况下被他人磨掉了车架号。在这种情况下，车主应尽快向交警说明情况，并提供购车合同、车辆登记证书等相关证据，以证明自己的清白。
如果车主是出于某种特殊原因磨掉了车架号：
- 例如，为了防止车辆被盗而采取了极端措施。虽然这种行为可能出于好意，但仍然是违法的。车主应主动向交警说明情况，并接受相应的处罚。同时，车主应认识到这种行为的违法性，并采取合法合规的方式来保护自己的车辆安全。
总之，当车架号被磨掉且被交警查到时，车主应积极配合调查，并采取合法合规的补救措施。同时，也应加强对车辆的保管和维护工作，避免类似问题的再次发生。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。