结论：扣留驾驶证期间发生车祸，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于事故性质、保险条款约定及是否存在法定免责事由。

1. 交强险的赔偿规则

根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条，若驾驶人存在以下情形之一，保险公司仅在医疗费用赔偿限额内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿，对其他损失（如财产损失、死亡伤残赔偿）不承担赔偿责任：

• 未取得驾驶资格；
  
• 醉酒驾驶；
  
• 故意制造交通事故。
  

扣留驾驶证是否属于“未取得驾驶资格”？
需区分情形：

• 若驾驶证被扣留期间，驾驶人仍具备驾驶资格（如因违章被暂扣，但未被吊销或注销），则不属于“未取得驾驶资格”，交强险通常需赔偿；
  
• 若驾驶证被扣留后，驾驶人实际已丧失驾驶资格（如因严重违章被吊销、注销或扣留期间驾驶资格被依法撤销），则可能被认定为“未取得驾驶资格”，交强险可能拒赔。
  

例外情形：若事故由对方全责，无论己方驾驶证状态如何，对方交强险均需赔偿己方损失。

2. 商业险的赔偿规则

商业险的赔偿以保险合同约定为准，需重点审查以下条款：

• 免责条款：多数商业险合同将“驾驶证被依法扣留、暂扣、吊销、注销期间驾驶车辆”列为免责事由。若合同明确约定此情形，保险公司可拒赔；
  
• 提示义务：若保险公司未对免责条款履行加粗加黑、单独说明等提示义务，该条款可能被认定为无效，保险公司仍需赔偿；
  
• 因果关系：若驾驶证扣留与事故发生无直接因果关系（如对方违规变道导致碰撞），保险公司可能需赔偿。

3. 实务建议

• 立即报案：发生事故后，无论驾驶证状态如何，均需第一时间报警并通知保险公司，保留现场证据；
  
• 审查合同：核对商业险合同中的免责条款，确认保险公司是否已尽提示义务；
  
• 协商或诉讼：若保险公司拒赔，可先协商，协商不成可向法院起诉，由法院根据合同约定、事故责任及驾驶证状态综合判定。

总结：扣留驾驶证期间发生事故，交强险可能赔偿（需区分是否丧失驾驶资格），商业险需结合合同条款判断。建议根据具体情况咨询专业律师，制定维权策略。