关于挂靠公司的车，自然人不能代开运输费发票的相关规定，主要涉及到税务和发票管理方面的法律法规。以下是我从不同角度为你详细分析的解答：

1. 税务法规角度：

   • 根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，以及相关的发票管理规定，发票的开具应当遵循真实、合法、有效的原则。挂靠公司的车辆，其运营主体实际上是公司，而非自然人个人。因此，从税务合规的角度来看，运输费用的发票应当由公司开具，而非自然人个人。
   • 如果自然人以个人名义代开运输费发票，可能涉及虚开发票等违法行为，这不仅违反了税务法规，还可能面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等。

2. 发票管理角度：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票的开具必须与实际经营业务情况相符。挂靠公司的车辆，其运输业务属于公司的经营范围，因此发票应当由公司开具。
   • 自然人个人并不具备开具运输费发票的资格，除非其本身从事运输业务并依法办理了税务登记和发票领购手续。但在挂靠关系中，车辆的实际运营主体是公司，因此自然人个人代开发票是不符合规定的。

3. 实际操作与风险防范：

   • 在实际操作中，如果挂靠公司的车辆需要开具运输费发票，应当由公司负责开具，并确保发票的真实性和合法性。
   • 如果自然人个人确实需要参与运输业务并获取报酬，建议与公司签订正式的劳务合同或运输合同，并明确双方的权利和义务。这样，公司可以根据合同约定向自然人支付报酬，并依法开具发票。
   • 为了避免税务风险和法律纠纷，建议挂靠公司和自然人个人都加强税务合规意识，确保所有业务活动都符合相关法律法规的规定。

总结与建议： 挂靠公司的车，自然人不能代开运输费发票，这是基于税务和发票管理方面的法律法规规定。为了确保合规性和避免潜在的法律风险，建议挂靠公司和自然人个人都严格遵守相关法律法规，确保所有业务活动都真实、合法、有效。如果你在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答和指导。