针对您提出的“税款补缴后还移交司法机关会怎么样”的问题，以下是我根据最高人民法院、最高人民检察院联合发布的《关于办理危害税收征管刑事案件适用法律若干问题的解释》给出的详细解答：

首先，需要明确的是，如果纳税人在公安机关立案前，经税务机关依法下达追缴通知后，能够在规定的期限或者批准延缓、分期缴纳的期限内足额补缴应纳税款，并缴纳滞纳金，同时全部履行税务机关作出的行政处罚决定，那么根据《解释》的规定，该纳税人将不予追究刑事责任。这是国家为了鼓励违法人员改过自新、引导市场主体自觉遵守税法而制定的从宽处罚政策。

然而，也存在一些例外情况。如果纳税人在五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚，那么即使其补缴了税款，也可能仍然会被追究刑事责任。

接下来，针对您提到的“税款补缴后还移交司法机关”的情况，这通常意味着纳税人的逃税行为可能已经较为严重，或者税务机关在追缴过程中发现了其他涉嫌犯罪的线索，因此决定将案件移交司法机关处理。在这种情况下，即使纳税人已经补缴了税款，司法机关仍然会根据案件的具体情况，包括逃税的数额、情节、后果等因素，来决定是否追究其刑事责任。

但值得注意的是，如果纳税人已经进入到刑事诉讼程序中，但能够积极补税挽损，或者被告单位能够进行有效合规整改，那么根据《解释》的规定，司法机关也可以考虑从宽处罚。例如，对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以不起诉或者免予刑事处罚；对于情节显著轻微危害不大的，甚至可以不作为犯罪处理。

最后，需要强调的是，无论纳税人是否补缴了税款，如果其逃税行为已经构成了犯罪，那么司法机关都有权依法追究其刑事责任。因此，建议纳税人在日常经营中严格遵守税法规定，避免逃税行为的发生。如果确实存在逃税行为，应尽快主动补缴税款并接受税务机关的处罚，以减轻可能的法律后果。