关于《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条的处罚及扣分问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、《道路交通安全法》第九十条的处罚规定
《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条规定：“机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。”这一条款主要明确了机动车驾驶人在违反道路通行规定时，将面临的罚款或警告处罚。
二、关于扣分问题
扣分并非直接由第九十条规定：
- 需要注意的是，《道路交通安全法》第九十条本身并未直接涉及扣分规定。扣分是作为一种与具体交通违法行为相结合的行政处罚措施存在的，其具体标准并非由该条款直接规定。
扣分的具体标准：
- 扣分的具体标准由《道路交通安全违法行为记分管理办法》及相关地方性规章进一步细化和明确。不同的交通违法行为会根据其性质和严重程度被赋予相应的扣分值。例如，违反禁令标志、禁止标线指示行驶的，可能会扣1分；驾驶机动车不按规定超车、让行，或者在高速公路、城市快速路以外的道路上逆行的，可能会扣3分。
实际操作中的扣分情况：
- 在实际操作中，当机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规时，除了可能面临罚款或警告外，还会根据具体的交通违法行为被扣分。扣分情况会记录在驾驶证上，并影响驾驶人的记分周期和驾驶资格。
三、驾驶证扣分后的处理方式
确认扣分情况与缴纳罚款：
- 驾驶人应通过交管部门的网站、手机APP或车管所等渠道，及时查询驾驶证的扣分记录，明确扣分的原因和分值。同时，根据扣分的违法事项，在规定时间内缴纳相应的罚款。
参加学习与考试：
- 如果在一个记分周期内累计记分达到一定分值（如6分及以上但未满12分），部分地区要求驾驶人参加交通安全法律法规学习和警示教育，并通过考核减免一定记分分值。
- 如果累计记分达到12分，公安机关交通管理部门将扣留其机动车驾驶证。驾驶人需在规定时间内参加道路交通安全法律、法规和相关知识学习，并通过考试。考试合格的，记分予以清除并发还驾驶证；考试不合格的，需继续参加学习和考试。
关注记分周期与特殊情况处理：
- 驾驶证的记分周期为12个月，从初次领证日期起算。在一个记分周期内记分未达到12分且罚款已缴纳的，记分将在周期结束时清零。
- 如果对扣分情况有异议，认为存在错误或不合理之处，驾驶人可以在规定时间内向当地交通管理部门提出申诉，并提供相关证据以支持申诉。
综上所述，《道路交通安全法》第九十条主要规定了机动车驾驶人违反道路通行规定时的罚款或警告处罚，而扣分则是根据具体的交通违法行为以及《道路交通安全违法行为记分管理办法》等相关法律法规来判断的。驾驶人在遵守交通规则的同时，也应了解相关的扣分规定和处理方式，以避免不必要的法律后果。