特别决议需要经代表三分之二以上表决权的股东通过。这一规定主要依据《中华人民共和国公司法》的相关条款，以下是对此问题的详细解答：

一、特别决议的通过比例

1. 法定标准：

   • 根据《公司法》的规定，股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，这些均属于特别决议事项，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。

2. 表决权行使：

   • 表决权一般按照股东的出资比例行使，但公司章程另有规定的除外。例如，在有限责任公司中，如果公司章程没有特别规定，那么股东的表决权就是与其出资比例相对应的。在计算特别决议是否通过时，需要统计所有股东的表决权，并确定是否达到了三分之二以上的比例。

二、公司章程的特殊规定

• 章程优先性：虽然《公司法》对特别决议的通过比例有明确规定，但公司章程作为公司内部治理的基本法则，可以在不违反法律法规强制性规定的前提下，对股东会的议事方式和表决程序作出特殊规定。然而，对于特别决议事项，公司章程不能降低法律规定的通过比例，即不能规定低于三分之二的比例。
• 合法性原则：公司章程的内容必须遵守法律法规的强制性规定，不得损害公司、股东及债权人的合法权益。因此，在制定或修改公司章程时，应确保特别决议的通过比例符合《公司法》的要求。

三、实际操作中的考虑因素

1. 股东出席情况：

   • 股东会的决议必须在有法定或章程规定的足够数量股东出席的情况下才能有效召开。若出席股东未达到法定或章程要求的最低人数，则决议无效。因此，在召开股东会时，应确保有足够数量的股东出席，以便对特别决议事项进行表决。

2. 表决权分配与计算：

   • 在计算特别决议是否通过时，需考虑各股东的表决权权重。这通常涉及到股东的出资比例或持股比例。如果公司章程对表决权分配有特别规定，则应按照公司章程的规定进行计算。
   • 计算公式（以有限责任公司为例，假设公司总表决权为T，通过特别决议所需表决权为R）：
     • \(R = \frac{2}{3} \times T\)
     • 若实际同意的表决权达到或超过R，则特别决议通过。

3. 决议的合法性与有效性保障：

   • 除了满足通过比例的要求外，股东会决议还需确保会议召集、通知、表决等程序的合法性。这包括提前通知股东会议的时间、地点和议题，确保股东有足够的时间准备和参与表决等。
   • 决议内容必须符合法律法规和公司章程的规定，不得违反公序良俗或损害社会公共利益。否则，决议可能被撤销或宣告无效。

四、实例说明

假设某有限责任公司有甲、乙、丙三位股东，出资比例分别为40%、30%、30%，公司总表决权为100%。现在要作出修改公司章程的特别决议：

• 根据《公司法》的规定，需要经代表三分之二以上表决权的股东通过。
• 计算所需表决权：\(R = \frac{2}{3} \times 100\% = 66.67\%\)（即至少需要66.67%的表决权同意）。
• 实际表决情况：如果甲股东同意（40%），乙股东同意（30%），则同意的表决权为70%，超过了66.67%的比例，因此特别决议通过。

五、总结与建议

1. 总结：特别决议需要经代表三分之二以上表决权的股东通过，这是《公司法》的强制性规定。公司章程可以在不违反法律法规的前提下对股东会的议事方式和表决程序作出特殊规定，但对于特别决议事项，不能降低法律规定的通过比例。
2. 建议：在实际操作中，公司应首先参考公司章程的具体规定来确定股东会决议的通过比例，并确保所有决议均符合法律法规的要求。同时，公司应建立健全的股东会会议制度和表决机制，以确保决议的合法性和有效性。如果面临复杂或争议性的决议事项，建议直接向我咨询以获取更具体的法律意见和指导。