公司破产后，指定管理人后，多家法院冻结的资产将由管理人统一接管并依法处理，具体处理方式需根据冻结顺序、债权性质及破产程序要求综合确定。以下是详细分析：

1. 管理人接管资产，冻结效力暂时维持
   根据《企业破产法》第13、25条，法院指定管理人后，管理人全面接管债务人财产，包括被冻结资产。但冻结措施本身不会因破产程序启动而自动解除，需由管理人根据破产程序推进情况，向相关法院申请协调处理。

2. 冻结顺序影响资产分配优先级

   • 首封法院优先处置权：若某法院是首个采取冻结措施的法院（首封），根据《最高人民法院关于首先查封法院与优先债权执行法院处分查封财产有关问题的批复》，首封法院在符合条件下可优先处置资产，但需与管理人沟通，确保处置所得纳入破产财产统一分配。
     
   • 轮候冻结自动生效：其他法院的轮候冻结在首封解除后依次生效。管理人需与各法院协调，明确冻结顺位，避免重复处置。

3. 破产程序中的资产解冻与分配规则

   • 管理人可申请集中解冻：若冻结资产需整体处置（如房产、设备），管理人可向首封法院申请将资产移交破产程序统一处置，或协调各法院解除冻结，由管理人变价后按《企业破产法》第113条规定的清偿顺序分配。
     
   • 优先债权特殊处理：若冻结涉及职工工资、税款、抵押权等优先债权，管理人需根据《企业破产法》第109-113条，在资产变价后优先清偿，剩余部分按普通债权比例分配。

4. 实务操作建议

   • 管理人应尽快梳理冻结信息：包括冻结法院、案由、金额、顺位等，制定资产处置方案。
     
   • 主动与法院沟通：通过书面函件或听证会形式，说明破产程序进展，争取法院支持集中处置或解冻。
     
   • 保障债权人知情权：及时通过债权人会议通报资产冻结及处置情况，避免纠纷。

示例：若A法院首封公司厂房，B法院轮候冻结设备，管理人可与A法院协商，将厂房与设备一并拍卖，所得款项优先清偿A法院案件中的抵押权后，剩余部分按破产程序分配给B法院案件债权人及其他普通债权人。

如有具体案件细节（如冻结法院、债权类型等），可进一步向我咨询，我会结合实务经验提供针对性方案。