结论：在公司实际控制人和法人不是同一人的情况下，追查实际控制人可从公司股权结构、公司决策与控制权、关联关系与资金往来、借助外部专业力量这几个关键角度入手。

1. 从公司股权结构角度追查
   • 直接股权关系：仔细查阅公司的工商登记信息，查看股东名册，明确各股东的持股比例。一般来说，持有公司50%以上股权的股东通常对公司拥有绝对控制权，可被认定为实际控制人。不过，也存在一些特殊情况，比如通过多层股权架构设计，使得表面上的小股东通过间接持股方式实际控制公司。例如，A公司持有B公司30%股权，B公司又持有目标公司40%股权，若A公司通过协议安排等方式对B公司和目标公司的决策产生决定性影响，那么A公司就可能是目标公司的实际控制人。
   • 股权质押与冻结情况：关注股东的股权是否存在质押或冻结情况。如果某股东的股权被大量质押，可能意味着其资金链紧张，需要进一步了解质押权人是谁，以及质押背后的交易安排，这有可能揭示出实际控制人的线索。而股权冻结可能是由于股东涉及法律纠纷，通过了解冻结原因和相关案件情况，也可能发现实际控制人的蛛丝马迹。
2. 从公司决策与控制权角度追查
   • 公司章程与股东会决议：深入研究公司章程，其中关于股东会、董事会的职权划分、表决机制等规定，能反映出公司的决策架构。查看股东会决议，分析哪些股东在重大决策中起到关键作用，比如公司合并、分立、增资、减资等重大事项的决策过程，从中找出实际主导公司决策的股东。例如，在某些情况下，虽然某股东持股比例不是最高，但在每次重大决策中都能凭借其影响力推动决议通过，那么该股东很可能就是实际控制人。
   • 董事会组成与决策：董事会是公司的决策执行机构，观察董事会的组成人员，特别是董事长的人选。董事长通常在公司决策中具有重要话语权。同时，查看董事会的会议记录和决策文件，了解哪些人或哪些股东在董事会决策中发挥核心作用。如果某股东通过推荐董事人选、影响董事投票等方式控制董事会决策，那么该股东可被视为实际控制人。
   • 公司日常经营管理：了解公司的实际经营管理层，包括总经理、副总经理等高级管理人员的任命和决策情况。实际控制人往往会通过控制公司的高级管理人员来间接控制公司的日常运营。例如，某股东虽然不是公司股东，但与公司大股东存在密切关系，且公司的总经理等关键职位均由其推荐或任命，该股东在实际经营管理中具有绝对权威，那么该股东也可能是实际控制人。
3. 从关联关系与资金往来角度追查
   • 关联方关系：梳理公司与股东、董事、监事、高级管理人员及其近亲属等关联方之间的关系。通过查询工商登记信息、财务报表附注等资料，找出与公司存在关联交易的企业或个人。实际控制人可能会通过关联交易来转移公司资产、操纵公司利润等。例如，发现某股东的关联企业与公司存在大量异常的关联交易，且交易价格明显偏离市场公允价值，那么该股东很可能就是实际控制人，通过关联交易谋取私利。
   • 资金往来：审查公司的银行流水、财务报表等资料，关注公司与股东、关联方之间的资金往来情况。如果发现某股东与公司存在频繁的大额资金往来，且资金流向不合理，比如公司向某股东无偿提供资金、股东占用公司资金长期不归还等，这可能暗示该股东对公司具有实际控制权，能够随意支配公司资金。
4. 借助外部专业力量追查
   • 审计机构：聘请专业的审计机构对公司进行全面审计，包括财务审计、合规审计等。审计机构具有专业的审计方法和经验，能够深入调查公司的财务状况、经营情况和内部控制制度，发现可能存在的实际控制人线索。例如，审计机构通过对公司财务报表的分析和审计程序的执行，可能会发现某些隐藏的关联交易或异常的资金流动，从而揭示出实际控制人的身份。
   • 律师事务所：委托律师事务所进行法律尽职调查，律师可以通过查阅公司档案、访谈相关人员、发送律师函等方式，收集有关公司实际控制人的信息。律师具有专业的法律知识和调查技巧，能够从法律角度分析公司的股权结构、决策机制等，为追查实际控制人提供有力的法律支持。

在追查实际控制人的过程中，要注意收集和保存相关证据，确保追查行为的合法性和合规性。如果遇到复杂的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。