结论：在法院判决欠款三万一千元，且已从担保人银行卡中扣除五千元的情况下，理论上还应偿还的金额是两万六千元。但具体还款金额可能因实际情况有所不同，以下为你详细分析：

分析说明：

1. 基础还款计算：

   • 法院判决的欠款总额为三万一千元。
   • 已从担保人银行卡中扣除五千元，这部分金额应视为已还款。
   • 因此，理论上剩余的还款金额为：三万一千元 - 五千元 = 两万六千元。

2. 可能影响还款金额的因素：

   • 利息和费用：如果判决中包含了利息或其他费用（如诉讼费、律师费等），这些费用可能也需要一并偿还。但题目中并未提及这些费用，所以在此我们仅考虑本金部分。
   • 担保人的责任范围：担保人的责任可能受到担保合同或法律规定的限制。如果担保合同中约定了担保人的责任限额，或者法律对担保人的责任有特定规定，那么实际还款金额可能会受到影响。但题目中并未提供这些信息，所以我们假设担保人承担的是全额担保责任。
   • 其他还款情况：如果债务人或担保人在此之前已经偿还了部分款项，或者有其他形式的还款（如以物抵债等），那么实际剩余的还款金额也会相应减少。但题目中并未提及这些情况，所以我们仅根据题目提供的信息进行计算。

3. 法律建议：

   • 核实判决内容：建议债务人或担保人仔细核实法院的判决内容，确保了解所有应还款项和还款期限。
   • 与债权人沟通：如果有任何疑问或困难，建议及时与债权人沟通，寻求协商解决方案。
   • 保留还款证据：在还款过程中，务必保留好所有还款证据（如转账记录、收据等），以备不时之需。

行动建议：

• 在确认剩余还款金额后，债务人应尽快安排还款，以避免产生更多的利息或费用。
• 如果债务人确实无力一次性偿还剩余款项，可以考虑与债权人协商分期还款的方案。
• 如果担保人认为自己的权益受到侵害（如被错误扣款或承担了不应承担的责任），可以寻求法律途径维护自己的权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。