在肇事司机承担次要责任，且对方因治疗无效死亡的情况下，赔付问题主要涉及赔偿责任的划分和赔偿项目的确定。以下从这两个方面进行详细分析：
一、赔偿责任的划分
责任比例：
- 根据交通事故责任认定书，肇事司机被认定为次要责任，这意味着在赔偿中，肇事司机将承担一定比例的责任，而非全部责任。具体比例通常由交警部门根据事故现场情况、双方行为对事故发生的作用以及过错的严重程度等因素综合确定，常见的次要责任比例有20%、30%等，但具体比例需以责任认定书为准。
赔偿原则：
- 在交通事故中，赔偿原则通常遵循“过错责任原则”，即根据双方的过错程度来划分赔偿责任。肇事司机作为次要责任方，其赔偿责任将限于其过错程度所对应的比例范围内。
二、赔偿项目的确定
在对方因治疗无效死亡的情况下，赔偿项目主要包括以下几项：
医疗费：
- 包括对方因交通事故受伤后接受治疗所产生的所有医疗费用，如住院费、手术费、药费等。这些费用应由肇事司机按照其责任比例进行赔偿。
死亡赔偿金：
- 死亡赔偿金是对方因交通事故死亡后，其家属可以获得的赔偿项目之一。具体数额通常根据当地上一年度城镇居民人均可支配收入或农村居民人均纯收入标准，按一定年限（如20年）计算得出。肇事司机需按照其责任比例赔偿相应的死亡赔偿金。
- 计算公式（以城镇居民为例）：死亡赔偿金 = 当地上一年度城镇居民人均可支配收入 × 20年 × 责任比例
丧葬费：
- 丧葬费是对方因交通事故死亡后，处理丧葬事宜所产生的费用。肇事司机需按照其责任比例赔偿相应的丧葬费。
- 计算公式：丧葬费 = 当地上一年度职工月平均工资标准 × 6个月 × 责任比例
被扶养人生活费：
- 如果对方有需要扶养的亲属（如未成年子女、无劳动能力的父母等），肇事司机还需按照其责任比例赔偿被扶养人生活费。
- 计算公式：被扶养人生活费 = 当地上一年度城镇居民人均消费性支出或农村居民人均年生活消费支出 × 扶养年限 × 责任比例（需根据被扶养人数量、年龄等因素具体计算）
精神损害抚慰金：
- 在对方因交通事故死亡的情况下，其家属可能会遭受严重的精神损害。根据法律规定，肇事司机可能需要赔偿一定的精神损害抚慰金。具体数额通常由法院根据事故情况、双方过错程度以及当地经济水平等因素综合确定。
三、实际操作建议
及时沟通：
- 肇事司机应尽快与对方家属或其代理人进行沟通，了解对方的具体诉求和赔偿意愿，以便为后续的赔偿协商或诉讼做好准备。
保留证据：
- 肇事司机应妥善保管与事故相关的所有证据，如交通事故责任认定书、医疗费用发票、死亡证明等，以便在赔偿协商或诉讼中证明自己的责任比例和赔偿项目。
寻求专业帮助：
- 由于交通事故赔偿问题涉及复杂的法律知识和计算程序，肇事司机可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到充分保障。
综上所述，肇事司机在承担次要责任且对方因治疗无效死亡的情况下，需按照责任比例赔偿医疗费、死亡赔偿金、丧葬费、被扶养人生活费以及可能的精神损害抚慰金等项目。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。