在诉讼中，若发现被告公司注销，处理方式需依据具体情况谨慎处理，以下是详细分析和建议：
一、公司未经依法清算即办理注销登记
直接追加被告：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十四条，企业法人未依法清算即被注销的，可以以其股东、发起人或者出资人为当事人提起诉讼。这些主体可能要对公司债务承担清偿责任，因为他们的行为侵害了债权人的利益。
- 举例：若A公司欠B公司货款，在诉讼过程中A公司未经清算即注销，B公司可以追加A公司的股东为被告，要求其承担清偿责任。
证明股东过错：
- 根据《公司法》及其司法解释，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人，在公司解散后恶意处置财产或提交虚假清算报告骗取注销登记的，应对公司债务承担赔偿责任。原告需收集证据证明上述过错行为。
- 举例：若A公司股东在注销前转移公司财产，导致B公司无法获得清偿，B公司可以收集相关证据，要求A公司股东承担赔偿责任。
二、公司依法进行了清算并办理注销登记
查看清算报告：
- 公司依法清算注销时，清算报告是重要文件。若清算报告中对债权债务已合理清理和处置，则按清算结果执行。若发现清算报告有问题，如遗漏债务，可采取相应法律措施。
- 举例：若A公司清算报告中未提及欠B公司的货款，B公司可以收集相关证据，向法院申请对清算报告进行审查，并要求A公司股东或清算组成员承担相应责任。
特殊情形处理：
- 若清算组未履行通知和公告义务，导致债权人未及时申报债权而未获清偿，债权人可主张清算组成员对损失承担赔偿责任。需注意诉讼时效问题。
- 举例：若A公司清算组未通知B公司申报债权，导致B公司未获清偿，B公司可以在知道或应当知道权利受损之日起一定期限内（通常为三年），向法院起诉要求清算组成员承担赔偿责任。
三、法院处理方式与债权人应对措施
法院处理方式：
- 依法注销且有清算主体的，通知清算主体参加诉讼并承担责任。
- 注销违法或有瑕疵的，可能认定注销无效，诉讼继续进行。
- 无法确定清算主体或清算主体无法担责的，法院综合考虑后作出裁决，保障债权人权益。
债权人应对措施：
- 收集证据：尽快收集并保存与公司注销相关的所有证据，如注销证明、清算报告、股东会决议等。
- 报告法院：及时向法院报告被告公司注销情况，申请采取相应措施，如追加被告、中止诉讼等。
- 追加被告：若公司未经依法清算即注销，可申请追加股东、董事等相关责任人为被告。
- 申请强制执行：若公司注销后有剩余财产可供执行，可申请强制执行以弥补损失。
四、特殊情形下的处理
公司合并或分立：
- 若被告公司因合并或分立而注销，其权利和义务可能由新公司承继。此时，原告可将新公司列为被告继续诉讼。
公司破产清算：
- 若被告公司因破产等原因而注销，并已进行清算，原告需向清算组申报债权，并参与破产财产的分配。若清算过程存在问题，可依法追究相关责任人员的法律责任。
恶意逃避债务：
- 若被告公司注销存在逃避债务等恶意行为，原告可考虑追究相关责任人员的法律责任，如要求他们承担赔偿责任等。
五、法律依据与注意事项
- 法律依据：主要包括《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》以及《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的相关规定。
- 注意事项：
- 债权人应与法院保持沟通，了解案件进展。
- 保留好所有证据材料，以便在需要时提供证明。
- 在处理此类问题时，务必遵循法律法规和程序规定，避免采取不当行为导致权益受损。
综上所述，处理被告在诉讼中注销公司的情况需综合考虑多个法律因素，包括公司是否依法清算、清算报告的内容、法院的处理方式以及债权人的应对措施等。债权人应积极采取措施维护自身权益，同时遵循法律法规和程序规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。