在总包是挂靠关系，且分包人明知该挂靠关系的情况下，分包人通常应向被挂靠方（即名义上的总包方）主张权利，但具体情形还需结合合同签订与履行情况来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系层面
挂靠关系的法律性质：
- 挂靠关系在法律上通常被视为一种不规范的民事行为，它可能违反了建筑市场的准入规定、招投标法规以及合同法的相关规定。然而，从民事法律关系的角度来看，挂靠人与被挂靠人之间往往存在一种内部约定，即挂靠人以被挂靠人的名义进行经营活动，并支付一定的管理费用。
分包人与被挂靠方的关系：
- 在分包人明知挂靠关系的情况下，如果分包合同是与被挂靠方签订的，那么从合同相对性的原则出发，分包人应向被挂靠方主张权利。因为被挂靠方作为合同的一方，有义务按照合同约定履行义务，包括支付工程款等。
二、合同签订与履行情况
合同签订主体：
- 如果分包合同是由挂靠人以被挂靠方的名义与分包人签订的，且被挂靠方在合同上加盖了公章或进行了其他形式的确认，那么分包人可以依据合同向被挂靠方主张权利。
- 如果分包合同仅由挂靠人与分包人签订，没有被挂靠方的确认或参与，那么情况可能更为复杂。此时，分包人可能需要证明被挂靠方对挂靠人的行为是知情或默许的，或者证明挂靠人的行为构成了表见代理，从而要求被挂靠方承担责任。
合同履行情况：
- 在合同履行过程中，如果工程款等是由被挂靠方直接支付给分包人的，或者被挂靠方参与了工程的管理和监督，那么这可以视为被挂靠方对挂靠人行为的认可，分包人可以据此向被挂靠方主张权利。
- 如果工程款等是由挂靠人直接支付给分包人的，且被挂靠方未参与工程的管理和监督，那么分包人可能需要更多地依赖与挂靠人之间的合同关系来主张权利。但在此情况下，由于挂靠关系的非法性，分包人可能面临一定的法律风险。
三、法律建议与风险提示
法律建议：
- 对于分包人而言，在签订分包合同时，应尽可能要求与被挂靠方直接签订合同，并明确合同条款和双方的权利义务。
- 在合同履行过程中，应保留好相关证据，如工程款支付凭证、工程进度报告、沟通记录等，以备在发生纠纷时能够证明自己的主张。
风险提示：
- 挂靠关系本身存在法律风险，可能导致合同无效或被撤销等后果。因此，分包人在参与涉及挂靠关系的工程项目时，应谨慎评估法律风险，并考虑寻求专业法律意见。
- 如果分包人选择向挂靠人主张权利，可能会面临挂靠人无力支付或逃避责任的风险。因此，在可能的情况下，应优先选择向被挂靠方主张权利。
总结来说，在总包是挂靠关系且分包人明知的情况下，分包人应优先向被挂靠方主张权利，但具体还需结合合同签订与履行情况来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。