核心结论：刑事案件中签署的私了协议，在后期刑事撤销的情况下，其有效性需分情况讨论，主要取决于协议内容、签署阶段及是否违反法律强制性规定。以下从不同角度详细分析：

1. 协议签署阶段与刑事程序的关系

• 刑事立案前签署的协议：若协议在刑事立案前签署，且内容仅涉及民事赔偿（如赔偿损失、道歉等），不涉及对犯罪行为的承认或免除刑事责任，则该协议在刑事撤销后仍可能有效。因为此时刑事程序尚未启动，协议本质是民事和解，不受刑事程序影响。
• 刑事立案后签署的协议：若协议在刑事立案后签署，且涉及对犯罪行为的承认或免除刑事责任（如“私了”后不再追究刑事责任），则该协议可能因违反法律强制性规定而无效。因为刑事责任属于公法范畴，不能通过私人协议免除或减轻。

2. 协议内容是否违反法律强制性规定

• 有效情形：若协议内容仅涉及民事赔偿，且赔偿金额、方式等不违反法律强制性规定（如不显失公平、不侵犯第三人权益），则协议在刑事撤销后仍有效。例如，双方约定赔偿医疗费、误工费等合理损失，且已实际履行。
• 无效情形：若协议内容涉及对犯罪行为的承认或免除刑事责任，或赔偿金额显失公平（如远高于实际损失），则协议可能因违反法律强制性规定而无效。例如，双方约定“私了”后不再报警，或赔偿金额明显高于实际损失且无合理依据。

3. 刑事撤销对协议效力的影响

• 刑事撤销不直接影响民事协议效力：刑事撤销仅表明刑事程序终止，不直接影响民事协议的效力。若协议本身合法有效，刑事撤销不会导致其无效。
• 但可能间接影响协议履行：若刑事撤销后，受害方因协议内容显失公平或受胁迫等原因主张撤销或变更协议，法院可能根据《民法典》相关规定支持其请求，从而影响协议的实际履行。

4. 实务建议

• 签署协议前咨询律师：在刑事案件中签署任何协议前，建议咨询专业律师，确保协议内容合法、有效，且不侵犯自身权益。
• 明确协议性质与范围：协议应明确区分民事赔偿与刑事责任，避免混淆。民事赔偿部分可详细列明赔偿项目、金额及支付方式；刑事责任部分应避免涉及免除或减轻责任的条款。
• 保留相关证据：签署协议后，应保留协议原件、支付凭证等相关证据，以备不时之需。

总结：刑事案件中签署的私了协议，在后期刑事撤销的情况下，其有效性取决于协议内容、签署阶段及是否违反法律强制性规定。若协议仅涉及民事赔偿且合法有效，则刑事撤销不影响其效力；若协议涉及免除刑事责任或违反法律强制性规定，则可能无效。如有具体法律问题，可直接向我咨询。