结论概述：
详细分析：
一、行政处罚与刑事处罚的区别
行政处罚：通常针对的是违反行政法规的行为，如营业执照违规经营等。行政处罚的种类包括罚款、没收违法所得、责令停产停业等。在行政处罚中，交清罚款是履行处罚义务的一部分，一旦履行完毕，且没有其他违法犯罪行为，通常不会因此坐牢。
刑事处罚：则针对的是违反刑法的行为，如诈骗、贪污、受贿等。刑事处罚的种类包括有期徒刑、无期徒刑、死刑等。在刑事处罚中，罚款（即罚金）只是刑罚的一种附加刑，即使交清罚金，如果主刑（如有期徒刑）未执行完毕或存在其他犯罪行为，仍可能面临坐牢的风险。
二、营业执照司法纠纷的具体情况
如果司法纠纷仅涉及行政处罚：如因营业执照违规经营被处以罚款，且已按时交清罚款，同时没有其他违法犯罪行为，那么通常不会因此坐牢。但需要注意的是，如果未来再次出现违规行为，可能会面临更严厉的处罚，包括可能的刑事处罚。
如果司法纠纷涉及刑事犯罪：如因营业执照相关行为构成诈骗、贪污等犯罪，那么即使交清罚款（罚金），仍可能面临刑事处罚，包括坐牢。刑事处罚的严重程度取决于犯罪的性质、情节以及犯罪人的主观恶性等因素。
三、法律建议
了解司法纠纷的具体性质：首先，需要明确司法纠纷是行政处罚还是刑事处罚，以及涉及的具体罪名和情节。这有助于判断交清罚款后是否还会面临坐牢的风险。
积极配合调查和处理：如果涉及司法纠纷，应积极配合相关部门的调查和处理工作，如实陈述事实，提供相关证据。这有助于减轻处罚或争取从宽处理。
寻求专业法律帮助：如果面临复杂的司法纠纷或不确定如何处理，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律咨询和辩护服务，帮助维护合法权益。
四、可能面临的法律后果
如果仅涉及行政处罚：交清罚款后，通常不会面临坐牢的风险。但可能会面临其他行政处罚措施，如责令停产停业、吊销营业执照等。
如果涉及刑事犯罪：交清罚款（罚金）后，仍可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、无期徒刑等。具体刑罚取决于犯罪的性质、情节以及犯罪人的主观恶性等因素。
总结与提醒：
交清罚款后是否还会坐牢，取决于司法纠纷的具体性质和严重程度。如果仅涉及行政处罚且已履行完毕，通常不会因此坐牢；但如果涉及刑事犯罪，即使交清罚款，仍可能面临刑事处罚。因此，在面对营业执照相关的司法纠纷时，建议及时了解纠纷性质、积极配合调查和处理工作，并在必要时寻求专业法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。