若在窗改门被处罚后拒不改正，相关部门有权采取进一步强制措施并追加处罚，具体处理方式如下：

1. 行政强制执行
   根据《行政强制法》第五十条，行政机关可依法对拒不履行行政处罚决定的当事人采取强制措施。例如，城管部门可委托第三方恢复原状（封门或重建窗户），费用由违法者承担。实践中常见流程为：书面催告→作出强制执行决定→实施强制措施，全程需留存执法记录。

2. 加重处罚
   若原处罚为罚款，拒不改正可能触发《行政处罚法》第三十六条”一事不再罚”原则的例外情形——对持续违法行为按日计罚。例如，某市对擅自改变外立面行为，可按每日500元标准追加罚款，直至违法行为终止。

3. 信用惩戒联动
   根据《国务院关于建立完善守信联合激励和失信联合惩戒制度加快推进社会诚信建设的指导意见》，拒不改正行为可能被录入公共信用信息平台，影响个人征信、企业资质审批等。部分城市已将此类违法行为纳入房地产经纪机构信用档案。

4. 刑事责任风险
   若窗改门涉及擅自改变建筑主体结构（如承重墙），且拒不整改导致重大安全隐患，可能触犯《刑法》第一百三十四条重大责任事故罪。2021年某案例中，业主因拒不恢复被破坏的承重结构，被以危险方法危害公共安全罪提起公诉。

实务建议：

• 收到处罚决定后15日内可申请行政复议或6个月内提起行政诉讼
  
• 整改前建议委托专业机构出具结构安全鉴定报告
  
• 多部门联合执法时，需同时应对规划、消防、城管等多头监管
  

如需具体分析处罚文书内容或制定整改方案，可提供相关材料进一步咨询。