结论：黄灯时车身过了停止线但中间刹车，一般情况下不会罚款，但若存在特定情形则可能面临处罚。以下分情况详细说明：

1. 正常刹车，未违反交通规则
   • 当交通信号灯变为黄灯时，法律并未明确禁止车辆继续通行，只是提示驾驶员需要减速并准备停车。如果车辆在黄灯亮起时，车身已经越过停止线，此时驾驶员选择刹车并停在路口中间，只要车辆没有继续向前行驶通过路口，也没有违反其他交通规则（如压实线变道、逆行等），通常不会被认定为交通违法行为，也就不会受到罚款处罚。
   • 这是因为黄灯本身具有一定的过渡性质，其目的是让已经接近路口的车辆有足够的时间安全通过或停车等待，以避免因突然变红灯而导致车辆急刹或闯红灯等情况的发生。所以，在这种情况下，驾驶员的刹车行为是符合交通规则和安全驾驶要求的。
2. 存在特殊情形，可能面临处罚
   • 影响其他车辆通行：如果车辆在黄灯时车身过了停止线刹车后，停在了路口中间，导致其他正常通行的车辆无法顺利通过路口，影响了交通秩序和通行效率，那么驾驶员可能会因妨碍其他车辆通行而受到相应的处罚。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。
   • 被误判为闯红灯：虽然车辆在黄灯时车身过了停止线刹车，但如果刹车不及时，导致车辆在红灯亮起后仍然继续向前行驶通过了路口，那么就会被电子监控设备抓拍认定为闯红灯行为。根据法律规定，闯红灯将被处以罚款200元，并记6分的处罚。不过，如果驾驶员能够提供充分的证据（如行车记录仪视频等）证明自己在黄灯亮起时已经越过停止线，且是由于刹车不及时等原因导致在红灯亮起后才通过路口，并非故意闯红灯，那么可以向交警部门提出申诉，请求撤销处罚。