离职补偿金的计算基数通常不减去个人应承担的社保和公积金部分，具体分析如下：

1. 离职补偿金的计算基数
   根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这里的“工资”包含计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入，通常以应发工资（税前工资）为计算基数，而非实发工资（扣除社保、公积金、个税后的金额）。

2. 社保和公积金的个人部分是否扣除
   在计算离职补偿金时，无需扣除劳动者个人应承担的社保和公积金部分。因为经济补偿金的计算基数是劳动者应得的工资总额，而社保和公积金的个人缴纳部分属于工资的组成部分，只是由单位代扣代缴。因此，计算时应以未扣除这些费用前的应发工资为准。

3. 特殊情况说明

   • 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。此时，计算基数仍以应发工资为准，但受三倍封顶限制。
     
   • 如果劳动合同或单位规章制度中明确约定经济补偿金的计算基数为实发工资（扣除社保、公积金后），且该约定不违反法律强制性规定，可能被认定为有效。但实践中，此类约定因可能损害劳动者权益而较少被支持。

建议：若单位在计算离职补偿金时扣除个人社保和公积金部分，劳动者可要求单位按照应发工资标准重新计算并补足差额。如有争议，可依法申请劳动仲裁维护权益。