补充协议生效时，原合同并不必然需要特别表明，但补充协议中应明确其与原合同的关系及效力。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律原则与规定
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。在合同自由原则下，当事人有权自主决定合同的内容，包括补充协议的内容及其与原合同的关系。因此，补充协议生效时，原合同并不需要特别表明，但补充协议中应明确说明其是对原合同的补充或修改。
补充协议的效力：补充协议作为原合同的补充或修改，其效力通常及于原合同的相应部分。只要补充协议的内容合法、有效，且双方当事人意思表示真实，补充协议即对双方当事人具有法律约束力。在这种情况下，原合同中与补充协议相冲突的部分，以补充协议为准。
二、实际操作与风险防范
明确补充协议与原合同的关系：为了避免未来可能出现的争议，建议在补充协议中明确说明其与原合同的关系，例如“本补充协议是对原合同《XXX》的补充和修改，原合同中与本补充协议相冲突的部分，以本补充协议为准”。这样的表述有助于明确双方的权利义务，减少争议的发生。
保留原合同的相关条款：虽然补充协议生效时原合同并不需要特别表明，但为了确保合同的完整性和可追溯性，建议保留原合同的相关条款，并在补充协议中注明原合同的名称、编号及签订日期等信息。这样有助于在需要时查阅原合同的内容，确保双方的权利义务得到全面履行。
注意补充协议的签订程序：补充协议的签订程序应与原合同相同，即双方当事人应在平等、自愿的基础上协商一致，并签订书面协议。在签订补充协议时，应确保双方当事人的签字或盖章真实有效，以避免未来可能出现的法律纠纷。
三、可能出现的法律后果
如果补充协议未明确与原合同的关系：如果补充协议中未明确说明其与原合同的关系，且双方当事人在履行过程中对补充协议的效力产生争议，那么法院或仲裁机构可能会根据合同的整体内容、交易习惯以及诚实信用原则等因素来综合判断补充协议的效力。这可能会增加争议解决的复杂性和不确定性。
如果补充协议与原合同存在冲突：如果补充协议与原合同存在冲突，且双方当事人在补充协议中未明确说明以哪个为准，那么法院或仲裁机构可能会根据合同的签订时间、交易习惯以及双方当事人的实际履行情况等因素来综合判断。这同样可能会增加争议解决的复杂性和不确定性。
建议：在签订补充协议时，务必明确说明其与原合同的关系及效力，并保留原合同的相关条款以备查阅。如果遇到复杂的合同纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。