债权人已申请冻结债务人财产，但债务人已还款的情况下，债权人应当及时向法院申请解除冻结措施。以下是具体分析和操作建议：
法律义务角度
根据《民事诉讼法》第107条及《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第28条，财产保全措施的目的是保障未来生效判决的执行。当债务人已履行全部债务时，保全的基础条件已消失，债权人负有主动申请解除冻结的法定义务。若未及时申请，可能因滥用诉讼权利承担赔偿责任（如债务人因冻结产生实际损失）。
操作流程建议
- 第一步：确认还款事实
要求债务人提供还款凭证（如银行转账记录、收据等），并核对还款金额是否覆盖本金、利息及诉讼费用等全部债务。
- 第二步：提交解除申请
向作出冻结裁定的法院提交《解除保全申请书》，附上还款凭证作为证据。法院应在收到申请后5日内作出裁定（紧急情况可当场处理）。
- 第三步：跟进执行情况
若法院未及时解除冻结，可联系执行法官催促处理，或依据《民事诉讼法》第111条申请复议。
特殊情形处理
- 部分还款情况：若债务人仅偿还部分款项，债权人可申请部分解除冻结（如解除对超标的额财产的冻结），但需保留与未偿还债务相当的财产继续保全。
- 和解协议履行：若双方达成和解协议且债务人按约履行，债权人应在协议履行完毕后立即申请解冻，避免因协议瑕疵导致解冻申请被驳回。
风险提示
- 超标的冻结责任：若冻结财产价值显著超过债务金额（如债务100万但冻结了价值500万的房产），债务人可依据《民事诉讼法》第107条提出异议，债权人可能面临司法处罚。
- 解冻延迟损失：因债权人未及时申请解冻导致债务人损失（如房产无法交易产生的违约金），债务人可能通过另案起诉要求赔偿。
行动建议：立即整理还款凭证，撰写解除保全申请书（可委托律师起草以确保格式规范），并亲自或通过律师向法院提交。若需进一步协助，可直接向我提供冻结裁定书及还款凭证，我将协助起草法律文书并跟进解冻流程。