在非法经营罪中，收取客户的手续费属于非法经营活动的违法所得部分，其处理方式主要涉及追缴、没收以及可能的退赔程序，具体需结合案件事实和法律程序综合判断。以下从法律定性、处理程序、实务要点三个角度展开分析：

1. 法律定性：手续费属于违法所得，依法应追缴/没收

根据《刑法》第六十四条及《关于办理非法从事资金支付结算业务、非法买卖外汇刑事案件适用法律若干问题的解释》等规定，非法经营罪中的违法所得包括：

• 直接收益：如手续费、服务费、差价等直接从非法经营活动中获取的收入；
• 间接收益：如用违法所得购买的财产、投资收益等（需举证关联性）。

实务中，手续费通常被认定为“直接收益”，司法机关会通过审计、银行流水核查等方式固定证据，最终在判决中明确追缴或没收。

2. 处理程序：分阶段处理，需配合司法调查

• 侦查阶段：公安机关会冻结涉案账户、查封财产，并要求嫌疑人/家属说明手续费来源及去向。若主动退赃，可能作为从轻处罚情节；
• 审查起诉阶段：检察院会审查手续费是否属于违法所得，并可能提出精准量刑建议（如退赔比例影响缓刑适用）；
• 审判阶段：法院最终判决追缴/没收违法所得，并可能责令退赔被害人损失（若存在集资参与人、客户等特定主体）。

关键点：若手续费已用于家庭共同生活或企业合法经营，需提供证据证明资金混同情况，否则可能被全额追缴。

3. 实务要点：如何争取从宽处理？

• 主动退赔：在立案前或侦查阶段退还手续费，可显著降低量刑幅度（如基准刑从3年减至2年以下）；
• 区分合法财产：若部分资金来源于合法经营（如同时开展合法业务），需通过审计分割违法所得，避免“一刀切”追缴；
• 认罪认罚：签署《认罪认罚具结书》并配合调查，可争取适用缓刑或减轻处罚（尤其对初犯、偶犯效果明显）。

示例：若某人因非法经营外汇被查，其收取的100万元手续费中，80万元为违法所得，20万元为合法业务收入。司法机关可能追缴80万元，并责令退赔客户损失（若客户未实际受损，则仅没收）。

如需进一步分析具体案情（如手续费金额、经营模式、是否涉及被害人等），可直接向我咨询，我会结合证据材料提供针对性建议。