结论：高校、研究机构货物或服务采购合同中付款比例超过90%是否符合规定，不能一概而论，需结合具体合同条款、采购类型、行业惯例及法律法规综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 法律法规层面

• 《中华人民共和国政府采购法》及其实施条例：
  政府采购合同中，付款比例通常需遵循“进度付款”原则，即根据项目完成进度分阶段支付。例如，货物采购可能要求“到货验收后支付80%，质保期满后支付剩余20%”；服务采购可能按“阶段成果验收后支付相应比例”。若合同约定付款比例超过90%，需确保：
  • 符合财政部门关于资金支付的具体规定（如《政府采购货物和服务招标投标管理办法》中关于预付款、进度款的比例限制）；
  • 预留足够质保金（通常为合同金额的5%-10%）以保障后续服务质量或货物维修。
• 《中华人民共和国民法典》合同编：
  若采购主体非政府（如民办高校、企业化运作的研究机构），合同付款比例由双方协商确定，但需遵循公平原则。若比例过高导致一方风险显著失衡（如买方未留质保金），可能被认定为“显失公平”，另一方可主张变更或撤销合同。

2. 行业惯例与风险控制

• 货物采购：
  通常要求“到货验收合格后支付大部分款项（如70%-80%），剩余款项作为质保金”。若付款比例超过90%，可能面临以下风险：
  • 卖方未按约定提供售后服务或维修；
  • 货物存在质量问题但买方已支付大部分款项，维权成本增加。
• 服务采购：
  服务成果的验收具有主观性，若付款比例过高（如服务未完成即支付90%），买方可能因卖方中途违约（如未按时交付成果）遭受损失。建议分阶段付款，并与关键成果节点挂钩。

3. 合同条款设计建议

• 明确付款条件：
  在合同中详细约定付款比例与对应条件（如“验收合格后支付90%，质保期满后支付10%”），避免模糊表述。
• 预留质保金：
  根据货物或服务性质，预留5%-10%的款项作为质保金，以约束卖方履行后续义务。
• 违约责任条款：
  若卖方未按约定提供服务或货物，买方有权扣减相应款项或要求赔偿，以平衡双方风险。

4. 特殊情形处理

• 紧急采购或单一来源采购：
  若因特殊原因需提高付款比例（如疫情期间紧急采购医疗物资），需在合同中明确理由并经相关部门审批，同时加强后续监管（如要求卖方提供银行保函或第三方担保）。
• 预付款情形：
  若合同约定预付款（如签订后支付30%），需确保预付款比例合理，并明确预付款的用途（如原材料采购）及扣回条件（如卖方违约时买方有权扣回预付款）。

总结：付款比例超过90%是否合规，需结合合同性质、行业惯例及法律法规综合判断。建议高校、研究机构在签订采购合同时，优先遵循财政部门关于资金支付的规定，并预留足够质保金以保障自身权益。若对合同条款设计有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体场景提供专业建议。