学员开教练车闯两个红绿灯，将面临行政处罚，具体处罚情况需分以下两种情形讨论：
若学员尚未取得驾驶证
- 处罚依据：根据《道路交通安全法》第九十九条规定，未取得机动车驾驶证驾驶机动车的，由公安机关交通管理部门处二百元以上二千元以下罚款，可以并处十五日以下拘留。
- 闯红灯的叠加处罚：闯红灯属于违反交通信号灯通行的行为，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条第八项，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分（但学员无证驾驶不涉及记分，仅处罚款）。若两次闯红灯行为被分别查处，可能面临双重罚款（但实践中通常合并处罚）。
- 教练责任：根据《道路交通安全法实施条例》第二十条，学员在学习驾驶中有道路交通安全违法行为或造成交通事故的，由教练员承担责任。因此，教练可能面临罚款、暂扣教练证等处罚。
若学员已取得驾驶证但在实习期
- 处罚依据：学员已取得驾驶证，其闯红灯行为直接适用《道路交通安全法》第九十条，处警告或者二十元以上二百元以下罚款，并记6分/次。两次闯红灯将累计记12分。
- 实习期特殊规定：根据《机动车驾驶证申领和使用规定》第八十条，机动车驾驶人在实习期内发生道路交通安全违法行为被记满12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。
- 教练责任：若教练未尽到监督义务（如未在副驾驶座指导、未及时制止违法行为），可能面临行政处罚或内部责任追究（如驾校扣发奖金、停职等）。
补充说明：
- 教练车性质：教练车属于营运车辆，若闯红灯发生在教学活动中，教练的监管责任更重，处罚可能更严厉。
- 证据认定：处罚需以电子警察抓拍或交警现场执法记录为准，学员可申请复核证据真实性。
- 后续影响：除行政处罚外，闯红灯记录会纳入个人征信系统，影响保险费率、职业资格审查等。
建议：若已收到处罚通知，可先核对违法事实（如时间、地点、照片），对证据有异议的可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。如有其他细节需要进一步分析，欢迎随时向我咨询。