结论：小三阳患者混到部队两年后被发现，一般不会直接被判刑，但可能会面临被部队除名等纪律处分，同时若存在伪造体检报告等行为，还可能涉及其他法律责任。以下从不同角度为你详细分析：
从部队纪律处分角度
- 部队体检与健康标准：部队对于新兵入伍有严格的体检标准，乙肝小三阳通常是不符合入伍条件的。这是因为部队生活环境特殊，集体生活密切，且训练强度大，乙肝小三阳患者可能存在一定的健康风险，同时也可能对其他战友的健康构成潜在威胁。
- 被发现后的处理：如果小三阳患者在入伍后两年被发现不符合健康标准，部队一般会根据相关规定对其进行处理。常见的处理方式是除名，即取消其军籍，并可能要求其退还已领取的津贴、补贴等费用。这种处理主要是基于部队的纪律和健康管理要求，并不涉及刑事犯罪。
从伪造体检报告等行为角度
- 伪造体检报告的法律性质：如果小三阳患者为了入伍而伪造体检报告，这种行为可能构成伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪（如果体检报告被视为国家机关公文或证件的话），或者至少构成欺诈行为。然而，在实际情况中，体检报告通常不被直接视为国家机关公文或证件，因此更可能构成的是欺诈或违反部队招生规定的行为。
- 可能面临的法律责任：
- 行政责任：如果伪造体检报告的行为被查实，患者可能面临行政处罚，如罚款、拘留等。但这种情况下的行政处罚通常较轻，且更多是由部队内部处理。
- 刑事责任：虽然伪造体检报告本身不一定直接构成刑事犯罪，但如果该行为导致了严重的后果（如影响了部队的正常训练、战斗准备等），或者患者同时存在其他犯罪行为（如贪污、受贿等），则可能面临刑事指控。不过，就小三阳患者混到部队这一行为本身而言，直接构成刑事犯罪的可能性较小。
从法律建议角度
- 如实告知健康状况：如果你或你身边的人有乙肝小三阳等健康问题，且有意入伍，建议如实告知相关部门。部队会根据实际情况进行评估和处理，而不是一概拒绝。隐瞒健康状况不仅可能导致后续的法律问题，还可能对个人的健康造成不利影响。
- 了解相关法律法规：在做出任何决定之前，建议了解相关的法律法规和部队规定。这有助于你更好地理解自己的权利和义务，避免不必要的法律风险。
总结：小三阳患者混到部队两年后被发现，一般不会直接被判刑，但可能会面临部队的纪律处分。如果存在伪造体检报告等行为，还可能涉及其他法律责任。因此，建议如实告知健康状况，并了解相关法律法规和部队规定。如果你有任何具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。