电动自行车停在小巷子被随手拍违章，这一行为是否合法，主要取决于几个关键因素：
小巷子的性质：
- 如果小巷子属于公共道路或公共场所的一部分，那么根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，电动自行车应当停放在指定的停车区域内。若未停放在指定区域，且该行为违反了当地的交通管理规定，那么被随手拍违章并上报至相关部门，这一行为是合法的。因为随手拍违章通常是为了维护公共交通秩序，鼓励公众参与交通管理的一种方式。
- 如果小巷子属于私人领地或内部道路，且不属于公共交通管理范围，那么在此停放电动自行车通常不会构成违章。此时，若有人随手拍并声称违章，这一行为可能缺乏法律依据。
随手拍违章的合规性：
- 随手拍违章本身需要遵循一定的程序和规定。例如，拍摄者需要确保拍摄内容的真实性、准确性，并且不得侵犯他人的合法权益（如隐私权、肖像权等）。
- 拍摄者应当将拍摄到的违章行为及时上报给相关部门（如交警部门），由相关部门进行核实和处理。如果拍摄者未经核实就随意传播或滥用拍摄内容，可能会构成侵权或违法行为。
地方性法规和政策：
- 不同地区可能对于电动自行车的停放和管理有不同的规定。一些地区可能设有专门的电动自行车停车区域，并明确规定了违章停放的处罚措施。
- 因此，在判断电动自行车停在小巷子是否违章时，还需要参考当地的具体法规和政策。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 如果您认为自己的电动自行车停放并未违反交通管理规定，或者小巷子不属于公共交通管理范围，您可以向相关部门提出异议，并要求核实拍摄内容的真实性和准确性。
- 如果您确实存在违章停放的行为，建议您接受处罚并改正错误，以维护公共交通秩序和自身合法权益。
- 在未来停放电动自行车时，请务必遵守当地的交通管理规定，将车辆停放在指定的停车区域内，以避免不必要的麻烦和损失。
最后，我想强调的是，交通管理是维护公共秩序和安全的重要手段，我们每个人都应该自觉遵守相关规定。如果您在交通方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。