结论：逾期协商好了还款日后，是否还会在还款日进行代扣，这主要取决于您与债权人（如银行、贷款机构等）之间的具体协商结果以及相关合同或协议的约定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 协商结果的影响：

   • 如果您与债权人已经明确协商并达成一致，约定了新的还款日，并且债权人同意在该新还款日进行代扣，那么通常情况下，债权人会按照协商结果在新的还款日进行代扣。
   • 然而，如果协商过程中并未明确提及代扣事宜，或者债权人未同意在新的还款日进行代扣，那么债权人可能不会在新的还款日自动进行代扣。

2. 合同或协议的约定：

   • 您需要仔细审查与债权人签订的原始合同或协议，以及任何后续的补充协议或修改条款，以了解其中关于还款方式和还款日的具体规定。
   • 如果合同或协议中明确规定了还款日以及代扣方式，并且这些规定并未因协商而改变，那么债权人可能会按照合同或协议的约定在还款日进行代扣。
   • 如果合同或协议中的相关规定已经因协商而发生了变化，那么债权人应按照新的协商结果来执行。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 即使您与债权人已经协商好了新的还款日，也建议您在还款日前主动与债权人确认还款方式和还款日，以确保双方对还款事宜有明确的了解。
   • 如果您希望债权人在新的还款日进行代扣，但协商过程中并未明确提及此事，您可以主动与债权人沟通并明确表达您的意愿，以便债权人能够相应地调整其还款处理流程。

4. 法律后果的考量：

   • 如果您未按照协商结果或合同约定在还款日进行还款，债权人可能会采取相应的法律措施来追讨欠款，如发送催款通知、提起诉讼等。
   • 因此，建议您务必按照协商结果或合同约定履行还款义务，以避免不必要的法律纠纷和信用损失。

建议：为了确保您的权益得到保障，我建议您在协商还款事宜时，务必与债权人明确约定还款日、还款方式以及代扣等具体事项，并将这些约定以书面形式记录下来，以便在需要时作为证据使用。如果您在协商过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。