结论：在合同中已约定延期交房违约金的情况下，法院仍按实际损失计算违约金，这一做法在特定情形下是合理的。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定与法院裁量权的关系
合同自治原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，依法成立的合同，受法律保护。这意味着，在合同中，双方当事人有权自由约定违约金的数额或计算方式，这是合同自治原则的体现。
法院的裁量权：尽管合同自治原则是合同法的基本原则之一，但法院在审理案件时，并非完全受合同条款的约束。当合同约定的违约金过高或过低，与实际损失存在显著差异时，法院有权根据公平原则和诚实信用原则，对违约金进行调整。这是为了保障合同双方的合法权益，防止一方利用合同条款获取不正当利益。
二、法院按实际损失计算违约金的合理情形
违约金过高：如果合同中约定的违约金数额过高，远远超过了违约方因违约所造成的实际损失，那么法院可能会根据实际损失情况，对违约金进行适当调整。这是为了防止违约方承担过重的经济负担，同时保障守约方的合法权益不受过度侵害。
违约金过低：相反，如果合同中约定的违约金数额过低，不足以弥补守约方因违约所遭受的实际损失，那么法院也可能会根据实际损失情况，提高违约金的数额。这是为了确保守约方能够获得充分的赔偿，维护合同的公平性和正义性。
实际损失难以确定：在某些情况下，由于各种原因，实际损失可能难以准确确定。此时，法院可能会根据案件的具体情况，结合市场行情、行业惯例等因素，对实际损失进行合理估算，并据此计算违约金。
三、法律建议
审查合同条款：在签订房屋买卖合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于违约金的约定。确保违约金的数额或计算方式既合理又合法，能够充分保障双方的合法权益。
保留证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留与违约相关的证据，如交房通知、付款凭证、沟通记录等。这些证据在发生纠纷时，将有助于法院准确认定违约事实和实际损失情况。
寻求法律帮助：如果双方在违约金问题上存在争议，且无法通过协商解决，那么可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据案件的具体情况，提供专业的法律意见和辩护策略，帮助当事人维护自己的合法权益。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份房屋买卖合同，约定如果甲方延期交房，需向乙方支付合同总价款20%的违约金。然而，在合同履行过程中，甲方确实延期交房了，但乙方因延期交房所遭受的实际损失（如租房费用、搬家费用等）远低于合同总价款的20%。在这种情况下，如果乙方起诉要求甲方支付合同约定的违约金，法院可能会根据实际损失情况，对违约金进行适当调整，以保障甲方的合法权益不受过度侵害。