结论：在执行案件中，双方已经达成调解协议且钱已经还完，但中间存在逾期两次的情况，一般情况下不能直接恢复执行，但需视具体情况和调解协议的具体内容而定。以下从不同角度进行分析：

一、调解协议的法律效力

调解协议是双方当事人在法院主持下，自愿达成的解决纠纷的协议。一旦调解协议生效，即具有法律约束力，双方应当按照协议内容履行各自的义务。如果一方未按照协议履行，另一方有权向法院申请强制执行。然而，在您所描述的情况下，钱已经还完，说明调解协议的主要义务已经履行完毕。

二、逾期履行的法律后果

1. 如果调解协议中有明确约定：

   • 若调解协议中明确规定了逾期履行的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等，那么当一方逾期履行时，另一方可以依据协议约定，向法院提起诉讼或申请强制执行（如果协议中有仲裁条款或约定了强制执行条款），要求对方承担违约责任。但在此情况下，由于钱已经还完，主要关注的是逾期履行的违约责任，而非恢复执行原调解协议的全部内容。

2. 如果调解协议中没有明确约定：

   • 若调解协议中没有明确规定逾期履行的违约责任，那么逾期履行可能仅构成一般违约，对方可以要求您承担因此造成的损失，但通常难以直接恢复执行原调解协议的全部内容。因为恢复执行通常适用于一方未履行调解协议的主要义务，而在此情况下，主要义务已经履行完毕。

三、恢复执行的可能性与条件

恢复执行通常适用于以下情形：一方未履行调解协议的主要义务，且经法院催告后仍未履行。在您所描述的情况下，由于钱已经还完，主要义务已经履行，因此一般不具备恢复执行的条件。但是，如果逾期履行导致了其他严重后果，如对方因此遭受了重大损失，且该损失与逾期履行有直接因果关系，那么对方可能可以通过其他法律途径（如提起诉讼）来寻求救济。

四、建议与措施

1. 审查调解协议：首先，建议您仔细审查调解协议的具体内容，特别是关于逾期履行的条款，以确定是否存在违约责任或恢复执行的可能性。

2. 与对方沟通：如果对方对逾期履行有异议或要求承担违约责任，建议您与对方进行沟通，尝试协商解决纠纷。通过友好协商，可以避免不必要的法律诉讼和执行程序。

3. 寻求法律帮助：如果您对调解协议的内容、逾期履行的法律后果或恢复执行的可能性存在疑问，建议您及时咨询专业律师（即向我咨询），以获取更具体的法律建议和指导。

最后，虽然一般情况下钱已经还完且主要义务已履行的情况下不能直接恢复执行，但具体情况还需根据调解协议的具体内容和逾期履行的实际情况来判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。