结论：非法网约车运营主动整改后是否会被罚款，需根据具体情况判断，包括整改的及时性、彻底性以及当地交通管理部门的执法政策等因素。
分析说明：
主动整改的积极意义：
- 非法网约车运营者主动整改，表明其认识到自身行为的违法性，并愿意采取措施纠正。这种态度在执法过程中通常会被视为积极因素，可能有助于减轻或免除处罚。
整改的及时性与彻底性：
- 及时性：如果非法网约车运营者在被查处前或接到整改通知后，能够迅速采取措施停止违法行为，并主动向交通管理部门报告整改情况，那么其被罚款的可能性会相对较低。
- 彻底性：整改不仅要求停止违法行为，还要求消除违法状态，如办理相关运营证件、缴纳罚款（如果已产生）、确保车辆符合运营标准等。如果整改不彻底，交通管理部门可能仍会对其处以罚款。
当地交通管理部门的执法政策：
- 不同地区的交通管理部门对非法网约车运营的执法政策可能存在差异。有些地区可能更注重教育引导，对主动整改的运营者给予一定的宽限期或减免处罚；而有些地区则可能严格执行法律法规，对非法运营行为零容忍。
相关法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，非法从事网约车运营属于违法行为，交通管理部门有权对其进行处罚。然而，法律法规也通常规定了从轻、减轻或免除处罚的情形，如主动消除或者减轻违法行为危害后果的等。
法律建议：
- 及时整改：如果非法网约车运营者希望避免被罚款，应尽快停止违法行为，并主动向交通管理部门报告整改情况。
- 了解政策：在整改前，建议咨询当地交通管理部门或专业律师，了解具体的执法政策和整改要求，以确保整改的彻底性和有效性。
- 合法运营：长远来看，非法网约车运营者应考虑办理相关运营证件，合法从事网约车运营，以避免法律风险和不必要的经济损失。
后续行动：
- 如果您是非法网约车运营者，并希望了解具体的整改要求和可能的法律后果，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。
- 如果您已经因非法网约车运营被查处，并希望了解如何减轻或免除处罚，也可以向我咨询，我将根据您的案情和当地执法政策，为您提供专业的法律帮助。