妻子代替丈夫签协议是否合法，这主要取决于是否有合法授权以及协议的具体性质，不能一概而论。以下是从不同情况下的详细分析：
一、有合法授权的情况
明确授权：
- 如果妻子获得了丈夫的明确授权，无论是书面还是口头（但为避免纠纷，书面形式更为推荐），并且授权范围涵盖了协议的相关内容，那么妻子以丈夫的名义签订的协议在符合其他法定条件的情况下是有效的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，公民、法人可以通过代理人实施民事法律行为。代理人在代理权限内，以被代理人的名义实施民事法律行为，被代理人对代理人的代理行为承担民事责任。
- 示例：丈夫因工作原因无法亲自签订一份商业合作协议，他出具了书面委托书，明确授权妻子代为签订。在这种情况下，妻子签订的协议对丈夫具有法律约束力。
表见代理：
- 即使妻子没有获得丈夫的明确授权，但如果她的行为足以使第三方相信她有代理权，且第三方为善意且无过失，那么可能构成表见代理。此时，为了保护第三方的利益，法律可能会认定该协议有效，由丈夫承担相应的法律责任。不过，这种情况需要满足严格的构成要件，且在实践中较为少见。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百七十二条规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。
二、无合法授权的情况
无权代理：
- 如果妻子没有获得丈夫的授权，擅自以丈夫的名义签订协议，那么该协议的效力将受到质疑。此时，协议属于无权代理订立的合同，效力待定，需要等待被代理人（即丈夫）的追认。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百七十一条规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。相对人可以催告被代理人自收到通知之日起三十日内予以追认。被代理人未作表示的，视为拒绝追认。
- 后果：如果丈夫拒绝追认，那么该协议对丈夫不发生效力，由妻子承担责任。如果合同相对方在此过程中存在过错，也可能需要承担相应的法律责任。
特殊情况下的协议效力：
- 对于纯获利益的合同或与丈夫年龄、智力、精神健康状况相适应的合同，即使妻子没有获得丈夫的授权，但如果合同内容对丈夫有利，或者与丈夫的实际情况相适应，那么该合同可能被认定为有效。不过，这种情况在实际生活中较为少见。
- 对于家庭事务范围内的合同，如果协议内容属于家庭日常生活需要的范围，且妻子是以家庭的名义签订的，那么这些合同可能对夫妻双方都产生法律效力。但这并不意味着妻子可以随意代替丈夫签订所有类型的合同。
三、建议与总结
- 明确授权：为避免因协议效力问题引发的纠纷，建议在签订协议前，明确授权妻子代为签订，并最好采用书面形式，明确授权的范围和期限。
- 谨慎对待：对于涉及大额资金、重要资产或超出家庭日常生活需要的协议，更应谨慎对待，最好由丈夫本人亲自签署，以确保协议的合法性和有效性。
- 及时咨询：如果遇到复杂的协议签订情况或存在疑问，建议及时向我咨询，以获取准确的法律意见和解决方案。
综上所述，妻子代替丈夫签协议的合法性取决于是否有合法授权以及协议的具体性质。在实际操作中，应遵循相关法律法规的规定，确保协议的合法性和有效性。