在刑事自诉案件中，公司确实有可能成为被告。这一结论主要基于我国刑法对单位犯罪的明确规定，以及刑事自诉案件的起诉条件。

首先，我国刑法是承认单位犯罪的。当公司等法人组织实施了法律明确规定为单位犯罪的行为时，该公司将作为犯罪主体被追究刑事责任。如果这些单位犯罪行为同时符合刑事自诉案件的条件，比如属于告诉才处理的案件，或者其他不需要进行侦查的轻微刑事案件，并且被害人有充分证据证明公司实施了相关犯罪行为，那么被害人就有权以公司为被告提起刑事自诉。

其次，从刑事自诉案件的起诉条件来看，被告并没有特定的限制，无论是自然人还是法人组织，只要满足法律规定的起诉条件，包括有明确的被告、具体的诉讼请求和事实依据，以及该案件属于人民法院受理的自诉案件范围等，就可以对公司提起刑事自诉。

然而，需要注意的是，并非所有刑事自诉案件都可以将公司列为被告。这需要严格依据法律规定，判断该犯罪行为是否是单位犯罪，以及是否符合刑事自诉案件的条件。例如，一些严重的刑事犯罪，如故意杀人、抢劫等，通常不属于自诉案件的范围，因此不能对公司提起刑事自诉。

在实际操作中，如果受害者或相关权利人认为公司有涉嫌犯罪的行为，且该行为属于刑事自诉案件的范围，建议先咨询专业律师。律师可以帮助评估案件的可行性，提供法律意见，并协助准备起诉状和相关证据，以确保自己的权益得到充分保障。

总的来说，公司在特定情况下确实可以成为刑事自诉案件的被告，但需要严格依据法律规定和案件具体情况来判断。