结论：租客不配合处理以租代购车辆被公司收回后的违章，是否违法需分情况讨论。若租客行为违反合同约定或相关法律规定，则可能构成违法或违约，需承担相应法律责任。
分析如下：
合同角度：
- 在以租代购的合同中，通常会明确约定车辆的使用、管理、违章处理等责任归属。若合同中明确规定，租客在租赁期间需负责处理车辆产生的违章，并在车辆被收回后继续履行该义务，那么租客不配合处理违章就违反了合同约定。
- 根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，租客可能因违约而需承担法律责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
法律角度：
- 违章行为本身是违反交通管理法规的行为，无论车辆是否被收回，租客作为违章时的车辆使用人，都负有处理违章的法定义务。
- 若租客不配合处理违章，可能导致车辆无法正常年检、过户等，进而影响车辆所有人的合法权益。在此情况下，车辆所有人（即公司）有权通过法律途径追究租客的责任，包括但不限于要求租客处理违章、赔偿因违章导致的损失等。
- 此外，如果租客的违章行为严重到构成犯罪（如交通肇事逃逸等），租客还可能面临刑事责任的追究。
实际操作角度：
- 在实际操作中，公司收回车辆后，通常会要求租客配合处理违章，以确保车辆的合法性和后续使用的顺畅性。
- 如果租客拒绝配合，公司可以采取多种措施，如通过法律途径起诉租客、向交通管理部门举报租客的违章行为等。这些措施都可能对租客产生不利影响，包括但不限于信用记录受损、被强制执行等。
建议：
- 对于租客而言，应仔细阅读以租代购合同中的相关条款，明确自己在车辆使用、管理、违章处理等方面的责任和义务。在车辆被收回后，应积极配合公司处理违章，以避免不必要的法律纠纷和损失。
- 对于公司而言，应在合同中明确约定车辆使用、管理、违章处理等方面的责任和义务，并在车辆被收回后及时与租客沟通，要求其配合处理违章。如果租客拒绝配合，公司应依法采取措施维护自己的合法权益。
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