变卖流拍后以物抵债的差价计算，需根据抵债财产的评估价值、债权金额及执行费用综合确定，具体分两种情况处理：

1. 抵债财产价值高于债权金额（含执行费用）
   若抵债财产经评估的市场价值高于债权人未受清偿的债权金额及执行费用总和，差价部分应退还被执行人。例如：债权总额100万元（含本金、利息及执行费），抵债财产评估价120万元，则差价20万元需返还被执行人。
   法律依据：根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第16条，以物抵债时，财产价值超出债权金额的部分，法院应裁定退还被执行人。

2. 抵债财产价值低于债权金额（含执行费用）
   若抵债财产价值不足以覆盖全部债权，差价部分债权人可继续向被执行人追偿。例如：债权总额150万元，抵债财产评估价100万元，则差价50万元仍需由被执行人通过其他财产清偿。
   法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务的，应承担继续履行、赔偿损失等违约责任。执行程序中，差价部分属于未清偿债务，债权人可申请恢复执行。

实务操作要点：

• 评估价值需以法院委托的合法评估报告为准，双方对评估结果有异议的可申请重新评估；
  
• 差价计算需包含执行费用（如评估费、拍卖费等），避免遗漏导致计算错误；
  
• 若被执行人无其他财产可供执行，法院可裁定终结本次执行程序，债权人发现财产后可申请恢复执行。

建议：若涉及复杂财产（如股权、不动产等）或大额债权，建议委托律师协助核算差价、审查评估报告，并制定执行策略以最大限度保障权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。