结论：车顶玻璃被石子击裂后保险公司是否赔偿，需根据您购买的保险类型、事故具体情况以及保险条款的约定综合判断，以下分情况说明：

1. 若您购买了“玻璃单独破碎险”（现并入车损险）
   根据现行《机动车商业保险示范条款（2020版）》，玻璃单独破碎险已并入车损险责任范围。若车顶玻璃因石子撞击单独破碎（未伴随其他车身损坏），保险公司通常需赔偿。但需注意：

   • 免责情形：若玻璃破碎由人为故意破坏、玻璃安装维修过程中造成、标识损失（如年检标）等导致，保险公司可能拒赔；
     
   • 理赔流程：需及时报案（48小时内），保留现场照片、维修发票等证据，部分保险公司可能要求指定维修机构。

2. 若您仅购买了“机动车损失保险”（车损险）但未附加玻璃险
   需判断玻璃破碎是否伴随其他车身损坏：

   • 伴随其他损坏：如石子撞击导致车顶玻璃破碎且同时造成车顶凹陷、漆面损伤等，属于车损险理赔范围，保险公司需赔偿；
     
   • 仅玻璃破碎：若仅玻璃损坏且未投保玻璃单独破碎险，保险公司可能以“非车损险责任范围”为由拒赔（但部分地区法院可能基于“近因原则”判决保险公司承担部分责任，需结合具体案情）。

3. 若存在第三方责任（如前方车辆碾压石子飞溅）
   若能证明玻璃破碎由第三方过错导致（如行车记录仪视频、交警事故认定书），可向第三方索赔：

   • 第三方有保险：由第三方车辆交强险或第三者责任险赔偿；
     
   • 第三方无保险或逃逸：若您投保了“机动车损失保险无法找到第三方特约险”，保险公司需赔偿；未投保则可能需自行承担损失。

建议行动步骤：

1. 立即报案：联系保险公司说明情况，确认保险类型及理赔条件；
   
2. 固定证据：拍摄现场照片、视频，保留维修发票及清单；
   
3. 协商或诉讼：若保险公司拒赔，可依据保险合同条款、现场证据及《保险法》第17条（保险公司需对免责条款明确说明）主张权利，必要时通过诉讼解决。
   

如有进一步疑问（如保险条款解读、理赔材料准备等），可直接向我咨询。