在涉黑案件中，犯罪人员所持股权被没收后，股东权利的行使问题需分情况讨论，具体如下：
- 股权被依法没收后的处理原则
根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。在涉黑案件中，若犯罪人员的股权被认定为违法所得或供犯罪所用的财物，则会被依法没收。股权被没收后，其原有的股东身份即告终止，不再享有股东权利。
股东权利行使的主体
- 公司内部决策：股权被没收后，公司应依据《中华人民共和国公司法》及公司章程的相关规定，通过股东会或董事会等内部决策机制，对被没收股权的处置进行决议。这通常涉及股权的转让、注销或重新分配等事项。在此过程中，原犯罪人员不再参与决策，其股东权利由公司合法股东或新指定的主体行使。
- 法院指定管理：在特定情况下，如股权处置涉及复杂法律关系或公司内部无法达成一致意见时，法院可能会指定相关机构或个人（如清算组、管理人等）来行使股东权利，以确保股权处置的合法性和公正性。
- 新股东接管：若被没收的股权被依法转让给新股东，则新股东将依法行使股东权利，包括参与公司决策、享有分红权等。
实际操作中的注意事项
- 合法性审查：在处理被没收股权时，必须确保所有程序均符合法律法规的规定，避免侵犯其他股东的合法权益。
- 信息披露：公司应及时向所有股东披露股权被没收及后续处置的相关信息，确保股东知情权得到保障。
- 权益保护：对于因股权被没收而可能受到影响的公司债权人或其他利益相关者，公司应采取措施保护其合法权益，避免引发不必要的法律纠纷。
总结与建议：涉黑案件中犯罪人员所持股权被没收后，股东权利的行使将由公司合法股东、法院指定机构或新股东等主体根据具体情况进行。在处理此类问题时，应严格遵守法律法规的规定，确保所有程序的合法性和公正性。如果您或您身边的人遇到此类问题，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。