确认软件侵权是否为公司在使用，主要可以通过以下几个角度进行调查和分析：

1. 软件使用记录与日志分析：

   • 核心思路：许多软件，特别是企业级软件，会记录使用日志，包括登录时间、使用时长、操作内容等。这些日志可以作为判断软件是否被公司使用的直接证据。
   • 实施方式：通过技术手段获取软件的日志文件，分析其中的记录，特别是与公司网络地址、员工账号等相关的信息，以确认软件的使用情况。

2. 公司网络流量监控：

   • 核心思路：公司网络通常会有流量监控系统，可以记录所有进出网络的数据包。通过分析这些数据包，可以判断是否有与侵权软件相关的流量。
   • 实施方式：联系公司网络管理部门，获取相关流量监控数据，特别是与软件下载、更新、使用等相关的流量记录，进行细致分析。

3. 员工访谈与调查：

   • 核心思路：直接与公司员工进行访谈，了解他们是否使用过该软件，以及使用的目的、频率等。员工是软件的实际使用者，他们的陈述往往能提供直接且有力的证据。
   • 实施方式：制定详细的访谈提纲，选择可能使用过该软件的员工进行访谈，并记录他们的陈述。同时，也可以考虑进行匿名调查，以鼓励员工提供更真实的信息。

4. 公司采购与财务记录：

   • 核心思路：如果软件是公司正式采购的，那么公司的采购记录和财务记录中应该会有相关的支付凭证、合同等。这些记录可以作为软件被公司使用的间接证据。
   • 实施方式：查阅公司的采购记录和财务记录，特别是与软件采购相关的部分，寻找与侵权软件相关的支付凭证、合同等文件。

5. 软件安装与部署情况：

   • 核心思路：检查公司电脑或服务器上是否安装了该软件，以及安装的数量、位置等。这可以直接证明软件是否被公司使用。
   • 实施方式：通过技术手段对公司电脑或服务器进行扫描，查找是否安装了侵权软件，并记录安装的数量、位置等信息。

在确认软件侵权为公司使用后，公司可能面临的法律后果及建议：

• 法律后果：如果确认公司确实使用了侵权软件，公司可能面临法律诉讼，需要承担停止侵权、赔偿损失等法律责任。同时，公司的声誉和信誉也可能受到损害。
• 建议：公司应立即停止使用侵权软件，并尽快与软件权利人取得联系，协商解决方案。如果无法协商解决，公司应积极准备应诉材料，以应对可能的法律诉讼。同时，公司也应加强内部管理，完善软件采购和使用流程，避免类似事件再次发生。

在处理此类问题时，务必保持谨慎和细致。如果你有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。