特别重大事故中主要负责人的处罚依据事故性质、责任认定及法律规定，可能涉及行政处罚、刑事处罚及民事赔偿，具体如下：

1. 行政处罚
   根据《中华人民共和国安全生产法》第九十五条，若主要负责人在事故中未履行法定职责（如未组织制定安全制度、未督促检查隐患整改等），可处上一年年收入80%-100%的罚款。例如，若其年收入为100万元，罚款范围为80万至100万元。
   此外，若企业存在重大安全隐患或拒不整改，监管部门可责令停产停业整顿，并吊销相关资质证书，直接负责人可能被禁止从事相关行业。

2. 刑事处罚
   若事故构成犯罪（如重大责任事故罪、强令违章冒险作业罪），根据《刑法》第一百三十四条：

   • 重大责任事故罪：处3年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处3-7年有期徒刑。
     
   • 强令违章冒险作业罪：处5年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处5年以上有期徒刑。
     关键点：刑事责任需以“主观过错+客观危害”为认定标准，例如明知存在隐患仍强令作业导致事故。

3. 民事赔偿
   根据《民法典》第一千一百九十一条，用人单位工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由单位承担侵权责任；但若主要负责人存在重大过失（如直接指挥违规操作），可能被追加为共同被告，需承担连带赔偿责任。例如，事故导致第三方人身损害，负责人可能需赔偿医疗费、丧葬费等。

补充说明：

• 处罚需以事故调查报告为前提，明确负责人具体责任（如直接责任、管理责任）。
  
• 若负责人同时存在贪污、受贿等行为，可能数罪并罚。
  
• 实践中，行政处罚与刑事处罚可能并行，但罚款与罚金不重复执行（罚金优先抵扣罚款）。

建议：若涉及具体案件，需结合事故报告、责任认定书等材料进一步分析。如有疑问，可直接向我提供细节，我会为您详细解答。