结论前置：注册公司时，法律并未强制要求必须提交股东合作协议，但从公司治理和股东权益保护的角度出发，签订股东合作协议具有重要意义。

详细分析：

1. 法律规定的非强制性：

   • 根据我国《公司法》的相关规定，设立公司时需要提交的主要文件包括公司章程、股东身份证明等。股东合作协议并未被明确列为设立公司的必备文件。因此，从法律层面来看，注册公司时并非必须提交股东合作协议。

2. 股东合作协议的重要作用：

   • 明确股东权利义务：股东合作协议能够详细规定各股东的出资方式、出资额、出资时间以及在公司经营管理中的权利，如表决权、分红权等。这有助于预防未来因权利义务不明确而引发的纠纷。例如，若股东间未明确分红比例，未来可能因分红问题产生争议，而股东合作协议可以提前对此进行约定，减少纠纷的发生。
   • 规划公司治理结构：股东合作协议还可以对公司的决策机制、管理层的选任等作出约定。如重大事项需全体股东一致同意，或对董事会成员的构成、产生方式进行细致安排。这有助于确保公司运营的有序性，避免因治理结构不清晰而导致的决策混乱。
   • 解决潜在争议：当股东之间出现分歧时，股东合作协议可作为重要的解决依据。通过明确约定争议解决的方式，如仲裁或诉讼，股东合作协议能为问题的解决提供清晰的路径，降低解决争议的成本和时间。

3. 股东合作协议的内容与合法性：

   • 股东合作协议的内容应涵盖多方面，包括但不限于股东的出资方式、出资时间、股权的转让规则（含转让条件、程序、优先购买权等）、股东会及董事会的表决机制、利润分配方式等。这些内容应尽可能详细、具体，以减少未来可能出现的争议。
   • 需要注意的是，股东合作协议的约定必须遵守《公司法》等法律法规的强制性规定，不得排除股东的法定权利，如知情权等。否则，该部分约定将被视为无效，无法起到保护股东权益的作用。

4. 建议与实践意义：

   • 尽管法律没有强制要求注册公司时必须签订股东合作协议，但考虑到其对于明确股东权利义务、规范公司治理结构以及解决潜在争议等方面的重要意义，建议在公司设立时由发起人协商并签订股东合作协议。
   • 通过签订股东合作协议，不仅可以增强股东之间的信任与合作，还能为公司未来的稳定发展和持续盈利奠定坚实的基础。同时，股东合作协议也是公司治理的重要文件之一，有助于提升公司的治理水平和市场竞争力。

后续行动建议：

• 若您正在考虑注册公司或已经注册了公司但尚未签订股东合作协议，建议您尽快与股东们协商并签订一份详细的股东合作协议。
• 在签订股东合作协议时，务必确保协议内容合法、合规，并充分考虑未来可能出现的各种情况，以确保协议的有效性和可执行性。
• 若您在签订股东合作协议过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。