关于破坏旱田水田的立案标准及流程，这是一个涉及土地管理和刑事法律的问题，下面我将为您详细解答。
一、立案标准
根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，破坏旱田水田的立案标准主要依据非法占用耕地的数量和造成的毁坏程度。具体来说：
非法占用耕地数量较大：
- 非法占用基本农田五亩以上；
- 非法占用基本农田以外的耕地十亩以上。
造成耕地大量毁坏：
- 非法占用耕地建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设；
- 造成基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上种植条件严重毁坏或者严重污染。
若行为人的行为符合上述任一标准，即构成非法占用耕地罪，应予以立案追诉。
二、立案流程
发现违法行为：
- 通常由自然资源主管部门、综合行政执法部门、乡镇人民政府、街道办事处等办案单位在巡查或接到举报后发现。
耕地破坏程度认定或鉴定：
- 申请认定：对于建筑物或构筑物已经形成、地基施工基本完毕等明显造成土壤耕作层破坏的不具有争议、非关键专门性问题，省级或市（地）级自然资源主管部门可以直接依据现场照片、录像等客观证据，或者组织认定委员会专家论证，认定耕地种植条件严重破坏，并出具相关行政认定意见。
- 委托鉴定：对于耕地破坏程度有争议、涉及关键专门性问题的，可以委托从事耕地破坏程度鉴定相关业务的鉴定机构进行鉴定，并提供司法鉴定意见。鉴定机构需具备法定资质或相应条件。
立案审查：
- 办案单位根据认定意见或鉴定意见，对涉嫌非法占用耕地的行为进行立案审查。
- 审查内容包括行为人的身份、行为性质、非法占用耕地的数量、造成的毁坏程度等。
立案决定：
- 若审查认为行为人的行为符合立案标准，办案单位将作出立案决定，并启动刑事诉讼程序。
- 若审查认为行为人的行为不符合立案标准，办案单位将作出不予立案决定，并告知相关当事人。
后续处理：
- 对于立案的案件，办案单位将依法进行侦查、起诉和审判等刑事诉讼程序。
- 对于不予立案的案件，若相关当事人有异议，可以依法申请复议或提起诉讼。
三、法律依据
- 《中华人民共和国刑法》第三百四十二条；
- 《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第三条、第八条、第九条；
- 《最高人民检察院、公安部关于印发〈最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(一)〉的通知》第六十七条。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。