是的，通过公开招标的项目应当在合同中注明招标文件是合同的组成部分。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与依据
在建设工程等公开招标项目中，招标文件是招标人向潜在投标人发出的邀请，其中详细规定了项目的各项要求、投标人的资格条件、评标标准和方法、合同的主要条款等内容。根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法律法规的精神，招标文件在招标过程中具有法律效力，是招标人与投标人之间形成合同关系的重要基础。虽然直接的法条可能并未明确规定“合同中必须注明招标文件是合同组成部分”，但从招标投标活动的本质和合同法的原则出发，招标文件的内容应当被视为合同的一部分，以确保合同的完整性和双方权利义务的明确性。
合同完整性的角度
合同是双方当事人意思表示一致的协议，其内容应当全面、准确地反映双方的权利和义务。在公开招标项目中，招标文件已经对项目的各项要求进行了详细规定，如果合同中不注明招标文件是合同的组成部分，那么合同内容可能就不完整，无法全面反映双方的真实意思表示。这不仅可能导致合同履行过程中的纠纷和争议，还可能影响项目的顺利进行和双方的合法权益。
实际操作与风险防范的角度
合同条款设计的建议
在合同条款设计中，可以明确约定：“本合同由合同正文、招标文件、投标文件及其附件等组成，招标文件、投标文件及其附件与合同正文具有同等法律效力。如合同正文与招标文件、投标文件及其附件存在不一致之处，以有利于招标人的解释为准（或根据具体情况约定其他解释原则）。”这样的条款设计可以确保招标文件在合同中的地位和作用得到明确，同时也有助于减少合同履行过程中的纠纷和争议。
总结来说，通过公开招标的项目在合同中注明招标文件是合同的组成部分，不仅符合法律精神和合同法的原则，也有助于保障合同的完整性和双方权利义务的明确性，减少纠纷与争议，保障项目的顺利进行。如果你在建设工程合同纠纷方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。