结论概述：

1. 商家是否需要将9万上交纪委，取决于多个因素，包括学校是否为公立学校、回扣的性质以及相关法律法规的适用等。
2. 若学校为公立学校，且该9万元属于违法所得，商家有义务配合调查并可能需上交；若为私立学校或该款项不构成违法所得，则商家无需主动上交，但应妥善处理以避免法律风险。

详细分析：

一、公立学校情况

1. 法律性质：

   • 公立学校属于国家事业单位，其资金来源和使用均受到严格的法律法规监管。
   • 若学校吃供货商回扣，这通常涉及贪污受贿或职务侵占等违法行为，相关款项属于违法所得。

2. 商家义务：

   • 商家作为回扣的提供方，若知晓或应当知晓该款项为违法所得，有义务配合相关部门的调查。
   • 在调查过程中，商家可能需要提供相关证据，包括转账记录、合同等，以证明款项的性质和流向。
   • 若商家被要求上交该9万元作为违法所得，商家应当遵守，否则可能面临法律责任。

3. 法律后果：

   • 若商家拒绝上交违法所得，可能面临行政处罚或刑事责任，具体取决于款项的性质和金额。
   • 商家还可能因涉及违法行为而损害其商业信誉和声誉。

二、私立学校情况

1. 法律性质：

   • 私立学校不属于国家事业单位，其资金来源和使用相对灵活，但仍需遵守相关法律法规。
   • 若学校吃供货商回扣，这可能涉及商业贿赂等违法行为，但具体性质需根据相关法律法规和案件事实进行判断。

2. 商家义务：

   • 商家作为回扣的提供方，若知晓或应当知晓该款项可能涉及违法行为，应谨慎处理。
   • 商家无需主动上交该款项给纪委，但应妥善保管相关证据，以备不时之需。
   • 若商家被相关部门调查，应积极配合并提供相关证据。

3. 法律后果：

   • 若商家涉及商业贿赂等违法行为，可能面临行政处罚或刑事责任。
   • 商家应关注相关法律法规的变化，及时调整其商业行为，以避免法律风险。

三、一般建议

1. 商家应尽快咨询专业律师：

   • 鉴于该问题的复杂性，商家应尽快咨询专业律师，以了解其具体法律义务和风险。
   • 律师将根据案件事实和相关法律法规，为商家提供具体的法律建议和解决方案。

2. 商家应妥善保管相关证据：

   • 商家应妥善保管与回扣相关的所有证据，包括转账记录、合同、聊天记录等。
   • 这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用，有助于商家证明其清白或减轻法律责任。

3. 商家应关注相关法律法规的变化：

   • 商家应密切关注相关法律法规的变化，及时调整其商业行为，以避免法律风险。
   • 商家还可以通过参加培训、阅读法律文献等方式，提高其法律意识和风险防范能力。

四、特殊情况处理

• 若商家在不知情的情况下提供了回扣，且能够证明其无过错，那么商家可能无需承担法律责任。但在此情况下，商家仍应积极配合相关部门的调查，并提供相关证据以证明其清白。
• 若商家与学校之间存在争议或纠纷，商家可以通过法律途径解决，如提起民事诉讼或申请仲裁等。在此过程中，商家应寻求专业律师的帮助，以确保其合法权益得到保护。