核心结论：在二审驳回上诉维持原判，被上诉人已履行付款义务，但上诉人不结案的情况下，可通过以下方式处理：

1. 明确“结案”的法律含义与程序要求
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，民事案件的“结案”通常指法院完成全部审理程序并作出最终裁判文书。在二审维持原判的案件中，法院的裁判文书生效后，案件即已法律意义上的“结案”，无需当事人另行申请。若上诉人以“未结案”为由拒绝配合后续程序（如解除财产保全、签署结案文书等），需区分具体情形处理：

   • 若涉及财产保全措施：被上诉人可向法院提交《解除保全申请书》，附上二审判决书、付款凭证等证据，申请法院解除对被上诉人财产的查封、冻结等措施。法院经审查属实后，会依法裁定解除保全，无需上诉人同意。
   • 若涉及执行程序：若被上诉人已主动履行付款义务，可向法院执行部门提交《履行完毕证明》，申请终结执行程序。法院核实后，会出具《执行结案通知书》，并屏蔽被执行人信息（如涉及失信被执行人名单、限制高消费等措施）。

2. 上诉人不配合的应对策略
   若上诉人以“未结案”为由拒绝签署法院要求的结案文书（如调解书、和解协议等），或阻碍被上诉人办理其他手续，被上诉人可采取以下措施：

   • 向法院申请强制确认结案：向原审法院提交书面申请，说明二审判决已生效、被上诉人已履行义务、上诉人无正当理由拒绝配合等事实，请求法院依职权确认案件结案，并出具相关法律文书。
   • 申请强制执行（反向情形）：若上诉人虽未明确拒绝，但拖延签署结案文书导致被上诉人权益受损（如财产保全未解除影响经营），被上诉人可反向申请强制执行，要求法院强制上诉人配合完成结案手续。
   • 追究上诉人法律责任：若上诉人存在恶意拖延、滥用诉讼权利等行为，被上诉人可依据《民事诉讼法》第118条，向法院申请对上诉人处以罚款、拘留；若造成被上诉人损失，还可另行提起诉讼要求赔偿。

3. 实务建议：优先通过法院协调解决
   在处理此类纠纷时，建议被上诉人优先与原审法院承办法官沟通，说明情况并提交相关证据（如付款凭证、二审判决书等），请求法院协调上诉人配合结案。法院通常会通过电话、书面通知等方式督促上诉人履行义务，必要时可依职权直接推进结案程序。此方式效率较高，且能避免当事人直接冲突。

总结：二审维持原判后，案件已法律结案，上诉人不配合不影响结案效力。被上诉人可通过申请解除保全、终结执行、请求法院强制确认结案等方式维护权益，必要时可追究上诉人法律责任。建议优先与法院沟通，高效解决问题。如有进一步疑问，可直接向我咨询。