结论：在绿灯还有三秒时选择等待下一个红绿灯，通常不会导致驾驶证扣分或罚款，但具体还需结合实际情况和当地交通管理规定来判断。

分析说明：

1. 交通信号灯的基本规则：

   • 交通信号灯（红绿灯）的主要作用是控制交通流量，确保道路安全有序。绿灯表示允许通行，红灯表示禁止通行，黄灯则作为过渡信号，提醒驾驶员注意。
   • 在绿灯期间，驾驶员有权通行，但并非强制要求必须在绿灯结束前通过路口。选择等待下一个绿灯，是驾驶员的自主决策，并不违反交通规则。

2. 不扣分不罚款的情形：

   • 如果您在绿灯还有三秒时选择停车等待，且没有违反其他交通规则（如未按规定车道行驶、压线等），那么您的行为是合法的，不会受到扣分或罚款的处罚。
   • 交通管理部门主要关注的是驾驶员是否遵守交通信号灯、是否超速、是否酒驾等严重违法行为，而不会对驾驶员在绿灯期间选择等待的行为进行处罚。

3. 可能存在的特殊情况：

   • 尽管在大多数情况下，选择等待下一个绿灯不会导致扣分或罚款，但也有一些特殊情况需要注意。例如，如果路口拥堵严重，您选择等待可能会加剧交通压力，但这种情况通常不会直接导致您被处罚，除非您的行为被认定为“故意造成交通堵塞”。
   • 另外，不同地区的交通管理规定可能存在差异。有些地方可能对绿灯期间的通行有更具体的要求或建议，但这些通常不会构成对驾驶员的处罚依据。

行动建议：

• 遵守交通规则：无论选择何时通行，都应确保遵守交通规则，确保自身和他人的安全。
• 了解当地规定：如果对当地交通管理规定有疑问，可以查阅相关法规或咨询当地交通管理部门，以获取更准确的信息。
• 保持冷静驾驶：在驾驶过程中，保持冷静和耐心，不要因为急于通行而违反交通规则或造成安全隐患。

后续思考：

• 如果您在驾驶过程中遇到任何交通规则方面的疑问或困惑，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
• 同时，也建议您定期关注交通管理部门的官方信息或公告，以了解最新的交通规则和政策变化。