代持协议是可以用自然人作为协议双方的，且在符合相关法律规定的前提下，这样的代持协议是受法律保护的。以下是对这一问题的详细分析：
一、代持协议使用自然人的合法性
主体资格：代持协议的双方，无论是实际出资人还是名义股东（即代持人），都可以是自然人。自然人作为民事主体，具有签订代持协议的民事行为能力，只要其年满18周岁且精神正常，即可独立签订并履行代持协议。
意思表示真实：代持协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。自然人作为协议的一方，其意思表示的真实性对于协议的效力至关重要。
内容合法合规：代持协议的内容必须严格遵守国家法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。自然人作为协议的一方，应确保协议内容不涉及非法目的，如逃避债务、隐匿非法财产等。
二、代持协议使用自然人的风险与注意事项
显名股东风险：在公司股权代持中，如果名义股东（自然人）擅自处分股权，可能给实际出资人带来严重损失。因此，实际出资人在选择名义股东时，应谨慎评估其信誉和履约能力，并通过协议明确约定双方的权利义务及违约责任。
公司治理影响：代持情况可能影响公司股权结构的清晰稳定，进而对公司治理产生不利影响。实际出资人在签订代持协议时，应充分考虑这一因素，并采取措施确保公司股权结构的稳定性和透明度，如通过公司章程或股东协议进行约定。
善意第三人保护：代持协议虽具有法律效力，但不能对抗善意第三人。如果代持的股权被转让或处置，而善意第三人并不知晓代持关系，其权益将受到法律保护。因此，实际出资人应加强对名义股东的监督和管理，防止股权被擅自处分，并考虑通过公示等方式增强代持关系的透明度。
三、建议与措施
专业律师起草：为了确保代持协议的合法性和有效性，建议由专业律师根据具体情况起草代持协议。律师能够根据双方的实际情况和需求，制定合法、合规且明确清晰的协议条款，降低法律风险。
证据留存：在签订和履行代持协议过程中，注意留存相关证据，如转账记录、聊天记录、邮件往来等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用，有助于证明双方的实际履行情况和协议的真实性。
及时沟通与调整：在代持协议履行过程中，双方应保持密切沟通，及时调整协议条款以适应实际情况的变化。如果发生任何可能影响协议履行的情况，应及时通知对方并协商解决方案。
总结来说，代持协议是可以用自然人作为协议双方的，但双方在签订和履行协议时应谨慎对待，确保协议内容的合法性、合规性和明确性。如果你有任何关于代持协议的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。