当被告人的公司已经注销，在填写被告身份信息时，可以按照以下方式处理：

1. 确认注销情况与法律责任主体
   首先需核实公司注销的具体情况，包括注销时间、注销原因（如解散、破产等）及清算程序是否合法完成。若公司注销后仍有未了结的债务或法律责任，根据《公司法》及相关司法解释，股东或清算义务人可能成为责任主体。此时需将原股东或清算义务人列为被告，而非已注销的公司。

2. 填写被告身份信息的具体方式

   • 若责任主体为原股东：
     在起诉状中需写明原股东的姓名、性别、年龄、身份证号、住址等个人信息，并注明其作为原公司股东的身份及持股比例。同时需附上公司注销证明、清算报告等材料，证明公司已注销且股东可能承担责任。
     
   • 若责任主体为清算义务人（如董事、控股股东等）：
     需写明清算义务人的个人信息及职务，并说明其未依法履行清算义务导致公司财产贬值、流失或损害债权人利益的事实。
     
   • 若公司注销后无责任主体：
     若公司注销时已依法清算且无遗留债务，或超过诉讼时效，可能面临无法追责的情况。此时需结合具体案情评估是否继续诉讼。

3. 关键证据与程序要求

   • 证据准备：
     需提供公司注销的工商登记资料、清算报告、股东会决议等文件，以证明公司注销状态及责任主体。若涉及清算义务人责任，还需证明其存在过错（如未通知债权人、虚假清算等）。
     
   • 程序注意：
     若公司注销后发现新证据（如隐匿财产、虚假清算），可依据《民事诉讼法》相关规定申请再审或另行起诉责任主体。

总结：公司注销后，被告身份信息需根据责任主体调整为原股东或清算义务人，并附上相关证明材料。具体操作需结合案情和证据综合判断，建议根据实际情况进一步向我咨询细节。