在用人单位实行特殊工时制引发的诉讼中，举证责任主要落在用人单位一方。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律原则与举证责任分配
在劳动争议案件中，举证责任的一般原则是“谁主张，谁举证”。这意味着，当用人单位主张其实行特殊工时制是合法且合理的，并因此引发诉讼时，用人单位需要承担举证责任，证明其主张的合法性和合理性。这包括提供相关的审批文件、劳动合同中的约定、工资支付记录、工作时间安排等证据。
二、特殊工时制的合法性与合理性证明
审批文件：用人单位需要证明其实行特殊工时制已经获得了劳动行政部门的审批。这是特殊工时制合法性的基础，没有审批文件的特殊工时制是违法的。
劳动合同约定：用人单位还需要证明在劳动合同中与劳动者明确约定了实行特殊工时制。这是保护劳动者知情权的重要一环，也是判断用人单位是否履行告知义务的关键。
工资支付与工作时间安排：用人单位需要提供工资支付记录和工作时间安排等证据，以证明其按照特殊工时制的规定支付了劳动者的工资，并合理安排了劳动者的工作时间。这是判断用人单位是否违反劳动法规定的重要依据。
三、劳动者可能提出的抗辩与反证
虽然举证责任主要在用人单位一方，但劳动者也可能提出抗辩或反证。例如，劳动者可能主张用人单位未按照特殊工时制的规定支付工资或安排工作时间，或者主张用人单位未履行告知义务等。在这种情况下，劳动者需要提供相应的证据来支持其主张。然而，这并不改变举证责任主要在用人单位一方的事实。
四、法律后果与风险提示
如果用人单位无法提供充分的证据证明其实行特殊工时制的合法性和合理性，或者劳动者提出的抗辩和反证成立，那么用人单位可能面临法律后果。这包括但不限于支付加班费、赔偿金等经济责任，以及可能面临的行政处罚等。
五、建议与措施
完善审批手续：用人单位在实行特殊工时制前，应确保已经获得了劳动行政部门的审批，并妥善保管审批文件。
明确劳动合同约定：在劳动合同中明确约定实行特殊工时制的相关条款，包括工作时间、工资支付等，以保护劳动者的知情权。
规范工资支付与工作时间安排：按照特殊工时制的规定支付劳动者的工资，并合理安排劳动者的工作时间，确保不违反劳动法规定。
保留相关证据：用人单位应妥善保管与特殊工时制相关的所有证据，包括审批文件、劳动合同、工资支付记录、工作时间安排等，以备不时之需。
作为专注于劳动纠纷、工伤赔偿领域的律师，我建议用人单位在实行特殊工时制时务必谨慎行事，确保合法合规。如果您在劳动纠纷或工伤赔偿方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。