摩托车醉驾被查到，检察院不起诉就结案的情况下，是否会有犯罪记录，需根据具体的不起诉类型及案件情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 法定不起诉：

   • 法律依据：根据《刑事诉讼法》第一百七十七条第一款及第十六条，若犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪等情形，人民检察院应作出不起诉决定。
   • 法律后果：在此情形下，行为人不构成犯罪，因此不会留下犯罪记录。对于摩托车醉驾而言，如果检察院认为情节显著轻微，不构成犯罪，那么就不会留下犯罪记录。

2. 酌定不起诉：

   • 法律依据：依据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。
   • 法律后果：虽然行为人已经构成了犯罪，但检察院基于情节轻微等原因决定不起诉。目前对于这种情况是否算有犯罪记录存在争议，部分地区可能会将其视为有违法犯罪记录来对待。因此，在摩托车醉驾的情况下，如果检察院作出酌定不起诉决定，是否留下犯罪记录可能因地区而异。

3. 证据不足不起诉：

   • 法律依据：按《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，若二次补充侦查后证据仍不足，不符合起诉条件，检察院应作出不起诉决定。
   • 法律后果：此时，因无法证明嫌疑人构成犯罪，同样不会留下犯罪记录。对于摩托车醉驾而言，如果检察院认为证据不足，无法证明醉驾行为构成犯罪，那么就不会留下犯罪记录。但需注意，若日后有新的证据足以证明犯罪事实，检察院仍有可能重新起诉。

此外，即使检察机关决定不起诉，醉驾者也可能面临行政处罚。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，醉酒驾驶机动车的，将面临吊销机动车驾驶证、罚款等行政处罚。这些行政处罚虽然不直接等同于犯罪记录，但也会对个人产生不利影响。

总结与建议：

• 摩托车醉驾被查到后，检察院不起诉是否留下犯罪记录，需根据不起诉的具体类型及案件情况来判断。
• 法定不起诉和证据不足不起诉通常不会留下犯罪记录，而酌定不起诉则可能存在争议。
• 无论是否留下犯罪记录，醉驾者都可能面临行政处罚，如吊销驾驶证、罚款等。
• 建议遵守交通法规，杜绝酒驾行为，以确保道路安全与个人法律记录的清白。

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