将双拼别墅打通改为独栋别墅是否合法，这主要取决于是否获得了相关部门的批准以及是否符合当地的规划和建设要求。以下从几个方面进行详细分析：
一、规划与建设许可
规划许可：根据《城乡规划法》的相关规定，任何建设活动都应当符合城乡规划的要求。将双拼别墅打通改为独栋别墅，属于对原有建筑结构的重大改变，必须事先获得城乡规划部门的批准。如果未经批准擅自进行改造，将可能面临规划部门的处罚，包括责令停止建设、限期改正、罚款等。
建设许可：除了规划许可外，改造活动还需要获得建设部门的施工许可。这通常涉及到施工图纸的审查、施工队伍的资质审核等环节。未经许可擅自施工，同样会面临建设部门的处罚。
二、产权与相邻关系
产权问题：双拼别墅通常意味着两栋别墅共享某些部分或设施，如墙体、屋顶、庭院等。在打通改造前，必须明确各部分的产权归属，确保改造活动不会侵犯他人的产权。如果改造过程中涉及到了共有部分的改动，还需要获得其他共有人的同意。
相邻关系：改造活动还可能对周边邻居的权益产生影响，如采光、通风、隐私等。因此，在改造前，最好与周边邻居进行沟通协商，确保改造活动不会引发邻里纠纷。如果改造活动确实对邻居造成了影响，可能需要承担相应的赔偿责任。
三、法律后果与风险
行政处罚：如前所述，未经批准擅自进行改造活动，将可能面临规划部门和建设部门的处罚。这些处罚可能包括罚款、责令停止建设、限期改正等，严重时甚至可能面临强制拆除的风险。
民事纠纷：改造活动如果侵犯了他人的产权或相邻权，可能引发民事纠纷。这可能导致赔偿损失、恢复原状等法律责任。
刑事责任：在极端情况下，如果改造活动涉及到了违法建设、破坏文物等严重违法行为，还可能面临刑事责任的追究。
四、建议与措施
咨询相关部门：在决定进行改造前，最好先咨询当地的城乡规划部门和建设部门，了解改造活动的合法性和可行性。
办理相关手续：如果改造活动符合规划和建设要求，应按照规定办理相关手续，包括规划许可、施工许可等。
与邻居沟通协商：在改造前，与周边邻居进行沟通协商，确保改造活动不会引发邻里纠纷。
聘请专业机构：可以聘请专业的建筑设计机构或律师事务所进行咨询和指导，确保改造活动的合法性和安全性。
综上所述，将双拼别墅打通改为独栋别墅是否合法，取决于是否获得了相关部门的批准以及是否符合当地的规划和建设要求。在进行改造前，务必咨询相关部门并办理相关手续，以确保改造活动的合法性和安全性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。